两系法杂交水稻制种是用水稻的温、光敏雄性核不育系（统称两用核不育系）作母本与恢复系杂交，利用其杂种优势生产杂交种子的活动。而水稻两用核不育系的最大特性是存在育性转换的现象，导致其育性转换的主导因子是温度（籼型）和光照（粳型）。气候条件（温度和光照）是影响两系制种的关键因素，所以，与三系法制种相比，两系法杂交水稻制种有更严格的要求，笔者认为须注意以下几点事项：
   
    1  基地选择
   
    目前我国籼型杂交稻种植较多，因此两系制种大多是籼型杂交稻制种，利用的不育系是主要是温敏型不育系。也就是说，温度是影响制种安全的主要因素，日平均气温高于育性转换的临界温度时不育系表现不育，低于临界温度时表现可育。育性转换的温度敏感期一般在不育系幼穗分化的Ⅳ至Ⅵ期。所以，在选择基地时，除了要考虑基地是否具备良好的土质、水源、交通、仓储、技术等因素外，还要重点考虑当地的气候条件，特别是温度条件。我国适合两系水稻制种的区域有广西、湖南、四川、江苏等省份的部分地区，在落实基地前应查阅当地多年的气象资料，合理安排播种期，确保不育系花期育性安全。
   
    2  合同签订
   
    因两系制种特殊性和风险隐患，制种公司在预约生产前必须与生产基地签订制种合同，告知两系制种可能遇到的低温风险，可能造成的经济损失，明确双方应承担的责任。避免将来产生经济纠纷和矛盾，减少不必要的麻烦。
   
    3  育性判断
   
    由于两系不育系（制种母本）在育性敏感安全期内有可能遇到罕见的强低温天气以及母本群体中可能存在高临界温度的植株，可使母本产生短时的或部分的育性波动，出现不同程度的自交结实，影响所产种子的纯度。因此，在两系法制种操作过程中，必须对母本的育性安全与否进行判断。为了判断两系不育系的转育情况，必须做好三件事情：
   
    3.1 温度分析在制种母本育性敏感期内，密切关注制种基地天气的变化，最好在基地设置气象观测点观测温度，记录在整个敏感期前后3~4天内是否有较强的低温天气出现。如果有低温天气，则应对观测到的或当地气象站低温时段的日平均气温进行分析。对比母本的育性转换临界温度值，来确定低温对母本的育性是否将产生育性波动。对于不同区域类型的制种田块，观测母本植株幼穗部位的温度及灌水温度，是否有低于母本育性转换临界温度的区域，如有应定点进行花粉镜检与取样隔离栽培。
   
    3.2 隔离栽培(或田间套袋) 在制种母本见穗前还没有颖花开花时，对不同区域类型的制种田各选三至五点取样，每点取5株（穴）带泥移至安全隔离区（有良好隔离屏障或周围至少500米内没有任何品种稻田，露天栽植，绝对不能放在屋内或温室大棚内）栽培，或者在田间套袋隔离，分别挂上标签标记取样点和抽穗期等，保持与制种田相似的环境条件，防治畜禽为害，齐穗后20天考察自交结实情况。
   
    3.3 花粉镜检在制种母本开花期逐日对不同类型田块取当日开花的颖花进行镜检，即在显微镜下观察碘—碘化钾液对花粉的染色反应（典败花粉的花粉粒形状不规则，对碘—碘化钾液不染色；可育花粉粒圆形粒大，碘—碘化钾液染成蓝黑色），从而对不同类型田块母本的败育情况、育性波动日期及程度有一个基本的判断。
   
    4  田间去杂保纯
   
    田间去杂是杂交水稻制种必不可少的环节，也是提高制种纯度的有效后控措施，两系制种田的田间去杂工作尤为重要。对于镜检结果显示没有问题或问题较轻的组合或田块，要严格按照田间分类镜检的结果及杂株比例，集中精力组织去杂专业队，责任到人，落实到田，分片包干，多次去杂、彻底去杂，逐块过堂，分类验收。以提高种子纯度，确保生产的种子达标合格。
   
    5  及时宣布报废
   
    对于镜检结果显示不能留种、自交结实严重的田块，要及早按报废处理进行管理，及时通知制种农户，以减少无效的成本投入；同时加强田间管理，争取提高产量（作商品粮或饲料），减少损失。
   
    6  及早取样南鉴
   
    即使镜检和隔离栽培都显示没有问题的种子田，也要尽早组织样品南鉴。为了尽早送检，于成熟期（收获前）在田间直接割取一定数量的穗种，晾干后将样品迅速送至省级种子管理部门，统一提前送海南，组织种植鉴定。依据南鉴结果，对合格种子按批次加工包装，对不合格种子不得加工包装用于生产。
   
    7  合同履行
   
    对于质量合格的种子田，委托生产的种子企业要依法履行收购合同，对所产种子全部收购，按合同兑现全部种款；对于报废的制种田，依据合同约定，委托方和受托方双方分别承担各自责任，共同分担经济损失。不能把损失都推给制种农民承担，切实维护农民利益和制种积极性。