瓜菜病害严重影响瓜菜的品质与产量，农民朋友在预防各类病害发生的时候往往“对症下药”，而因此忽视了从源头进行预防。对种子消毒能有效预防瓜菜病害的发生，也是提高瓜菜产量和品质的重要措施。
　　温汤浸种法 适用多种蔬菜种子的简易消毒，消毒时将种子放入55度的温水中，用水量是种子体积的3—5倍，搅拌15—20分钟，待水温降至35度时停止，继续浸泡4—6小时，然后进行催芽。此法有利播前种子吸水，软化种皮或种壳，可增强种子的发芽势，提高种子的发芽率，对附着在种子表皮上的真菌或细菌都具有较好的杀伤力，可减轻瓜菜类苗期病害的发生，利于苗全、苗壮，提高产量。
　　干热消毒法 适用番茄、茄子等。将种子含水量降至7%以下，置70—72度的烘箱中，烘烤3小时后取出，浸种催芽，可杀死种子内、外的致病菌。此法要求的技术较高，操作难度大，仅适于技术水平较高的瓜菜专业户使用，杀菌效果好，尤其对种皮内带菌的种子预防效果更好。
　　热水烫种法 适用难以吸水的种子（如冬瓜、西瓜等），要求水温70—75度，用水量为种子重量的3—5倍，种子要充分干燥，烫种时要用2个容器，将热水来回倾倒，最初几次动作要快，当水温降到55—60度时，改为不断搅拌，保持此温7—9分钟效果较好。
　　药液浸种法 将种子浸在1.0%硫酸铜液或1.0%高锰酸钾溶液、40%甲醛 （福尔马林）100倍液等浓度的药液中，30分钟后取出，用清水冲冼干净、晾干，以避免引起药害。
　　药剂拌种法 用干种子播种，可采用此法。药剂用量一般为种子重量的0.1%—0.4%。常用药剂有70%敌磺钠 （敌克松）或50%腐霉利（速克灵）、50%多菌灵、25%甲霜灵等。