花鲈养殖的病害较少，但是在养殖密度过高、养殖条件恶化等条件下会有病害发生。养殖花鲈的病害预防应遵循“以防为主，防重于治”的原则，首先要保持养殖池塘及附近地区的水质清洁，无污染，水流畅通，其次是在鱼种放养前及养殖过程中要采取彻底清塘、加注新水、换水排污、使用水质改良剂等措施，改善池塘水质条件，营造良好的养殖水环境，同时要放养健康的苗种，设定适宜的放养密度和合理的养殖组群，并科学投喂优质饲料。目前，常见的花鲈养殖病害主要有以下几种：
1、氨态氮中毒

    高温天气时，池水中氨态氮含量高，甚至产生亚硝酸盐，致使花鲈缺氧中毒而死亡。主要症状是鱼群全塘狂游不安，上下乱窜，鳍条充血，鳃丝暗红。防治方法是立即注入新水，放出老水，注水时注意用木板将水挡散，以免直接冲起塘底污物而加速鱼体死亡；施用氟石粉（底质处理剂）10～15公斤/亩，可中和池水中的氨态氮；也可使用微生物制剂加以预防。
2、肠炎病

    病鱼食欲低，腹部膨胀，肛门红肿，轻压腹部有黄色粘液从肛门流出。肠炎病全年均可发生，预防措施是不要投喂变质的小杂鱼，坚持使用优质的膨化饲料，治疗方法是按每100公斤饲料掺入300克戊二醛制成药饵连续投喂3～5天。
3、烂鳃病

    此病易爆发流行，死亡率高。主要症状是鱼体体色发黑，尤以头部为甚，游动缓慢，对外界刺激反应迟钝，呼吸困难，食欲减退，鳃部粘液增多，鳃丝肿胀且末端糜烂，鱼体消瘦，离群，最后致死。预防时，要保证水质的清新和溶解氧含量充足，高温季节经常使用微生物制剂改善水质。发病时，用1毫克/升漂白粉全池泼洒，或五倍子4毫克/升全池泼洒。
4、车轮虫、斜管虫、聚缩虫病

    多发生在中间培育阶段的鱼种体表和鳃丝，症状为鱼体消瘦，体色变黑，口端糜烂，一年四季均有发病。预防时多采用大量换水来改良水质，治疗时可用20～25毫克/升福尔马林全池泼洒。
5、赤皮病、溃疡病

    病鱼鳍条基部充血、红肿，脱鳞，表皮腐烂，肌肉外露。此病多发生在高温季节，预防时可大量更换新水，定期施入生石灰35～40毫克/升，冬季干塘曝晒。治疗时可用漂白粉1毫克/升全池泼洒。
6、鱼鲺病

    鱼鲺寄生于鱼体鳃部、皮肤和鳍条；使鳃丝上皮增生变形，炎性水肿，体表损伤，引起继发性细菌感染，导致鱼体死亡。治疗方法是全池泼洒晶体敌百虫0.2～0.3毫克/升。

    总之，在水源条件较差、淤泥较多的养殖池塘，需采取药物预防等措施来控制花鲈疾病。在4～10月，每隔15～20天交替泼洒0.2毫克/升的二氧化氯或 0.2毫克/升的二溴海因。在7～8月，还可以通过在饲料中添加中草药的方法来预防一些细菌性疾病。需要指出的是，在花鲈养殖中必须严格按照农业部颁布的《无公害食品渔用药物使用准则》中的规定使用渔药，并严格遵守对不同药物的用量及休药期等相关规定。