目前应用的营养土消毒的方法主要是毒土消毒法，播种床内在播种前撒一层毒土，然后进行播种，种子上而再撒一层毒土盖子，将种子夹在两层毒土之间，消毒效果显著。移苗床或营养钵毒土使用是在移苗入钵前，将毒土撒在移苗床或营养钵的表层。
一、用熏蒸药剂消毒
采用地面喷洒或打孔浇灌法，将药均匀喷洒到地面上，或注入育苗土内，用塑料薄膜覆盖。闷堆2-3天或更长时间后，揭去薄膜透气一周左右，再开始育苗。主要有：
1、福尔马林：每吨土用200-250克的原液，配成100倍液，结合翻土，将药液均匀混拌入土内，盖塑料薄膜密闭3-5天后，揭膜翻堆，药味散尽后播种。可灭除床土中的病原菌，防治辣椒、菜豆菌核病，黄瓜黑星病等。
2、溴甲烷：可防治黄瓜、番茄、茄子等的土壤线虫，也对猝倒病、根腐病、枯萎病等大多数茄子病害，以及蛴螬、蚂蚁、蝼蛄和大多数一年生和多年生杂草有效。用拱棚密封地面，每平方米畦面用80-100克，将药罐用钉子钉一个洞，放到塑膜下熏蒸24小时后，撤掉塑棚，散气2天，然后播种。
二、用常规农药消毒
采用混拌法，结合配制育苗土，将药物均匀混拌于育苗土中。
1、多菌灵：每平方米苗床用8-10无药剂，与4千克左右细土拌匀，1/3散于畦面，2/3盖籽，可防治番茄褐色根腐病，茄子褐纹病、赤星病、辣椒根腐病，冬瓜枯萎病等。
2、代森铵：用45%代森铵水剂20-300倍液，每平方米畦面浇灌2-4升。防治茄果灯苗期病害。五氯硝基苯：用70%五氯硝基苯与50%福美双或 65%代森锌可湿性粉剂等量混合，结合混拌育苗土，每平方米苗床用药8-10克，防治茄科立枯病，甘蓝灯黑腐病等。
3、甲基硫菌灵：用50%的可湿性粉剂1公斤与50千克干细土拌匀，防治根腐病等。
三、用药注意事项
1、根据防治对象选择农药：福尔马林可防治猝倒病和菌核病，代森铵能够防治立枯病，五氯硝基苯可防治猝倒病和立枯病，溴甲烷可防治多种苗期病虫害。
2、用药量与方法：用药量不足，不能达到对育苗土彻底灭菌的目的；用药量过大，会对蔬菜种子及幼苗产生药害，并增加育苗成本。
3、均匀用药：农药与育苗土应分别充分搅拌均匀，避免灭菌不彻底或发生药害。
育功土的干湿度要适宜：育苗土太干燥或太湿，灭菌效果均不好。适宜的土壤湿度为半干半湿，即抓起一把土，手握成团，落地即散，温度不足时，就先用喷雾器均匀喷水，湿度过大时，应事先摊开晾晒。
4、注意安全：注意人身安全，不要引起药手中毒；注意蔬菜安全，不要伤害蔬菜，特别是用熏蒸剂对土壤消毒时，消毒后一定要在土中的药气散尽或使残留药物浓度降低到安全浓度以下后，才可用于育苗。为加速药物散发，可将育苗土摊开或定期翻土。
