实践证明：含油分多的种子，往往难以贮藏，如花生仁、大豆、向日葵等。由于这些油料种皮脆薄，缺乏弹性，在报运和贮藏过程中，不断遭受外界环境温湿度变化的影响，容易使其组织变相疏松或发生裂痕，加速种籽脂肪的酸败及种籽外部微生物的有害活动，增加内部营养物质的消耗，产生霉变或走油等现象，而棉籽的含油量并不少，但由于种皮结构特别坚固，在运输及贮藏过程中，不会遭受损害和破裂。另外，一般棉籽在皮表面附有短绒，导热性较差，在一般草本油料中是最好保管的一种。但如果水分和温度较高，则容易变质。
　　棉籽的耐藏性与成熟期和加工的程度有密切关系，一般霜前收获的毛棉籽质坚仁饱，水分低，棉绒长，易保管；霜后来下的毛棉籽，壳软仁瘪，水分大，不适于长期贮藏。经过多次脱绒的光子，防潮性能差，皮壳受损，散落性大，不但不能承受较大压力，而且其生理活动也较强，贮藏期向易受外界环境影响，不宜在露天暴露贮藏。
　　如在露天固定货台堆放贮藏一段时间，就会发现棉籽的干物质量减少，棉籽中油脂的酸价增高，棉籽中的甘油酯会水解成游离脂肪酸和甘油而导致含油量的降低。
　　棉籽质量好坏，对于能否长期贮藏有很大关系。水分、杂质较高或不成熟粒较多及局部破坏的棉籽不易保管。因此，对于业用等级较低的棉籽，建议保藏不要超过三个月。而需长期贮藏的棉籽必须注意选择；严格控制质量关。
　　棉籽一般的安全质量标准是：水分不超过12%，杂质不超过0.5%，霉粒不超过5%。水分在12%以下的棉籽，在冬、春季适于长期保管。水分 12-13%的棉籽在北方冬季可利用包装或露天堆放作短期保管，但要掌握棉籽的温度变化情况。如有发热现象。须及时拨出加工或通风曝晒，但在春季则不适宜散放。水分13-14%的棉籽，须晾晒降低水分后入仓。