适时采收：百合种球采收不宜太早(种球有后熟过程)，也不能太晚(防止种球受冻)。由于山地自10月下旬开始降温，通常在10月中下旬开始收球，至11月中旬前结束。采用手工方法采收，先将土壤掘松后起球，注意勿伤鳞茎。  

　　清洗消毒：将百合种球放在平筐中，用清水冲洗附泥及小沙石，使种球表面白净。将清洗过的种球连箱浸入消毒池中浸泡20分钟左右，消毒液采用 600倍液多菌灵和1000倍液扑海因的效果较好。将种球箱从消毒液取出后，以鼓风机吹干或放置充分沥干种球表面的水分，然后进行分级包装。  

　　分级包装：采用自制的套圈，将种球按照12—14 厘米、14—16厘米 、16—18 厘米以上3个规格进行分级。装箱时以进口泥炭为基质，或用东北泥炭或碎木屑(须用新鲜木屑)等填充物与种球同置于塑料箱内，并用薄膜包裹保湿。要求水分适中，基质中含水量以40％—45％为宜，太湿则易造成种球在箱中腐烂。包装规格为：16—18 厘米规格200粒／箱，14—16 厘米规格300粒／箱，12—14 厘米规格400粒／箱。  

　　种球分级包装后，先在13—15℃条件下预冷处理2周，然后在2℃下放置8周进行低温打破休眠处理，最后在零下1．5到零下2℃库中进行长期贮藏。