褐斑病是睡莲生长过程中常见的病害。初发时，叶面出现淡黄色小斑点，后逐渐扩展成圆形或近圆形病斑，呈褐色，直径0.6至10毫米。随着病情的发展和加重，病斑可达叶面积的1/3至1/2，叶色由绿变黄，叶缘干枯，内卷，后期整个叶片焦枯，叶片及叶柄出现一层墨绿色的绒毛状物。受害植株轻者开花延迟，甚至不开花；重者，全株叶片焦枯，直至死亡。
    该病是由半知菌亚门丝孢纲丛梗孢目的真菌睡莲褐斑尾孢菌侵染所致。病菌以菌丝体在病落叶及残体内越冬。翌年5至6月产生分生孢子借风力和雨水传播侵染。7 至8月发病最重，高温多湿是病害发生发展的重要因素，尤其是在暴风雨期间，叶片受到损伤或被水淹没后，极有利于病菌的侵染，常引起病害的迅速蔓延。叶片过于密集，透光不良，以及遭受虫害后，也易于发病。
    防治可从以下几方面入手。
    加强栽培管理。除选取健壮、无病的地下茎栽培外，在生长期间，应及时疏剪病残老叶，既减少侵染源，又增强透光性。合理配施氮、磷、钾肥，促使植株生长健壮，提高抗病力。
加强防护。在狂风暴雨季节，要采取防护措施，防止大风损伤叶片和水淹没植株。
    化学防治。发病前可喷1至2次1：1：100的等量式波尔多液，能有效地防止病害的发生，发病初期，喷65％代森锌可湿性粉剂800倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂600倍液，每7至10天1次，连喷3至4次，可有效地控制病害的扩展。