选种后，晒种2-3天，搓掉种子茸毛，用25℃的温水浸种30分钟后利用 1000倍的高锰酸钾或10倍的磷酸三钠溶液浸种20分钟后，反复清洗种子上的药液。或用55℃温水烫种10分钟。种子消毒后用25-30℃温水浸种 8-10小时。在28-30℃条件下催芽，2天后即可出齐芽。为达到早出苗、出齐苗、育壮苗的目的，播种前应对种子进行如下处理（任选一种即可）。
（1）高温处理：将干燥种子放在70℃的温箱里处理72小时，然后再浸种、催芽、播种，对番茄病毒病有一定防治效果。
（2）温水浸种：利用热水的热力杀死附着和潜伏在种子表面及内部的病菌。这种方法简便易行，节省成本，杀菌力强。目前，生产上普遍采用。具体做法是，先用清水浸泡种子1-2 小时，然后捞出倒入55℃左右温水里浸泡5-10分钟，之后再继续浸种3-4小时。温水浸种时，一是要注意水量，一般是1份种子2份水。二是要不断、迅速地搅拌，使种子均匀受热，以防烫伤种子。三是要不断加热水，保持55℃水温。
（3）药粉拌种：用70%敌克松粉剂拌种，用药量为种子重量的0.3%，或用50%二氯萘醌可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，对防治番茄立枯病的发生有显著功效。
（4）药剂浸种：先用清水预浸种子3-4小时，再将湿籽放入10%磷酸三钠中浸种20分钟，然后用清水冲洗干净，再进行催芽。磷酸三钠浸种具有防治番茄病毒病的作用。目前生产上应用也较为普遍。或把预浸的种子放入1%高锰酸钾溶夜中浸泡10-15分钟，取出用清水冲洗干净后再催芽，可防治番茄病毒病及溃疡病。