金鳟的抗病力较一般鱼强，不易发生疾病，但在整个养殖环节中，若管理不当也会发生各种病害，故平时防治工作亦需定时进行。金鳟自引进到目前为止所发现的主要养殖病害有病毒性疾病、细菌病、真菌病、寄生虫病和营养不良病，其中以营养不良病较为常见，危害也较为严重，寄生虫病和细菌病也是易发的疾病，几种主要养殖病害的情况和防治方法如下。
　　1、病毒性疾病
　　金鳟的病毒性疾病主要有传染性胰脏坏死病(简称IPN)和传染性造血器官坏死病 (简称IHV)，这两种病都是病毒性疾病，多发于0.2～1g左右的稚鱼阶段。患IPN疾病，病鱼表现为旋转游动，肠内充满透明或乳白色黏液，肛门后拖有粪便，多数病鱼前腹部呈突起状；慢性症状为腹部膨大，眼球外突，体色变黑。患IHV疾病，病鱼游动缓慢或急速旋转狂游，整个腹部膨大，肠内充满透明或黄色黏液，体色变黑，死亡率较高。
　　防治方法:主要控制发眼卵引进过程。用聚维酮碘(有效碘1%)配制成30～50mg/L溶液浸泡引进的发眼卵5～15min，再进行孵化。
　　2、细菌性疾病
　　金鳟的细菌性疾病主要有细菌性鳃病、肠炎病和弧菌病3种。细菌性疾病是由一种黏液细菌嗜冷噬胞菌引起。多发于春季开口摄食到体重2g左右的个体，病鱼无食欲，鳃部分泌大量黏液，且局部褪色，严重时，鳃丝粘连成棒状。若放养密度过大，易暴发此病，可导致大量死亡。
　　防治办法:适当稀养可起到预防作用。治疗可用1/2000的硫酸铜溶液浸浴1～2min，每天3～4次可见明显疗效；用1mg/L的呋喃类药物溶液洗浴60min，每天2～3次也可起到显著效果。
　　金鳟的肠炎病是鲑科鱼类的常见疾病，多发生于5g以下的稚鱼阶段。病鱼肠管发炎、充血，肠内无食物，并充满白色或黄色黏液。弧菌病与病毒性疾病均可诱发此病。
　　防治办法:用大蒜素粉(含量10%)口服，用量每1kg鱼体重100mg，连续投喂1～6d；或服用新诺明，用量每1kg鱼体重100mg，连续投喂5～7d，第1天用量加倍；或在饲料中添加呋喃唑酮配成药饵投喂，每天用量120mg/kg，连用5d可收到较好效果。
　　金鳟的弧菌性疾病多在晚春或秋季水温15℃以上时发病。病鱼眼球突出、白浊、糜烂，鳍基、体表、肛门、口腔等处出血。病重鱼肌肉坏死，肠管充血、发炎，肾脾肿大。
　　防治办法:用磺胺类药物混拌于饲料中，投喂1周，然后清刷池子，并用漂白粉或生石灰消毒，也可用1/(50万)的盐水浸洗20min，或土霉素50～80mg/kg连续使用4～6d。
　　3、真菌性疾病
　　金鳟的真菌性疾病主要是水霉菌病，又称水霉病，多发生在孵化期死卵或损伤的卵上，并能侵害邻近的好卵，使活卵窒息死亡，另外也易在受伤的鱼体处着生。发病初期出现小斑点，然后逐渐扩大成绒毛状，使患处肌肉溃烂坏死。水霉繁殖适温在4～14℃。
　　防治办法:主要预防办法是孵化期注意拣除死卵，拉网时注意不要擦伤鱼体。治疗方法有将病鱼卵用5%的福尔马林每次浸洗30min；幼鱼可用1%的食盐水浸洗20min，成鱼用1%食盐水浸洗1h或用高锰酸钾10mg/L浓度浸洗1h或用食盐25mg/L加小苏打25mg/L合剂浸洗1h。
　　4、寄生虫类疾病
　　金鳟的寄生虫类疾病主要是细鳞鱼三代虫病，病原体是细鳞鱼三代虫，虫体寄生于鱼的体侧、背鳍、臀鳍、尾鳍或鳃等部位。该病多发于春季至初夏，体重为 1～3g的稚鱼时期。病鱼常翻转急游或侧身贴于池壁，因虫体刺激，体表分泌黏液较多且呈灰白色绒毛状。病重者鳃肿大，鳃丝暗黑色，体色黑瘦，不摄食，离群缓游，渐趋死亡，死亡率达10%左右。
　　防治办法:用1/2000～1/4000的甲醛液浸洗病鱼30～60min，或用2%的盐水浸洗2h。
　　5、营养不良病
　　金鳟的营养不良病主要是肝脂肪变性病，此病是人工养殖虹鳟由于投喂的饲料营养含量不全、长期缺乏必需氨基酸或维生素等造成的。不新鲜的、发霉的或氧化变质的饲料，以及饲料中碳水化合物、脂肪、磷等过多均可引发此病的发生。病鱼体色发黑，鳃颜色变淡，体质衰弱，离群，不活泼，独自漂在缓流处。肝脏肿大，呈黄色、黄白色或黄褐色，胆囊肿大呈黄色。胃肠充满黄色粘液，无食物，肠末端溃疡充血。
　　防治办法:发现病鱼应立即改投喂优质饵料，减少投喂量，并在饵料中增加维生素的含量。病情较轻的鱼经过1～2个月便可完全治愈，严重者则无法挽救。