化学肥料施到土壤里供作物吸收，其利用率一般不高，如水稻对氮肥的利用率为50%左右，磷肥的利用率为20％～30％。若采用深层施肥，就能大大提高肥料的利用率，减少肥分的损失。深层施肥的特点是把肥料施至耕作层深处，被作物慢慢吸收利用。深层施肥的方式有以下四种：
　　耕田深施
　　这是深层施作基肥的一种方式。做法是在耕田前将田水排至近干，然后将肥料均匀撒布在田面上，再进行犁翻与耙平，随后插秧。
　　面层深施
　　这是深层施作基肥的另一种方式。做法是在插秧最后一次犁翻后，即将肥料撒布在田面上，然后耙田后插秧。
　　球肥深施
　　这是追肥的一种方式。做法是将化肥与肥泥和水按一定的比例制成球肥，每个重约100克左右。追肥是将一个球肥塞入每4棵禾苗中间，深度7～10厘米。
　　液体深施
　　这也是追肥的另一种方式。做法是将化肥或农家肥用水配制成肥液，然后用施肥器施入土壤中，深约10厘米为宜。水稻深层施肥的方式主要有以上几种，其中以球肥深施的效果最好，深层施肥以追肥为好。