人医或兽医除除药物和手术外，还有比如中医的针灸等各种治疗方法。水产动物由于其自身和养殖环境的局限，治疗方法以给药为主，结合调节水质的理化指标。
　　群体治疗
　　不同于人活畜禽，水产动物个体相对较小，数量较大，生活在水中，不易捕捉，病原也往往以水火患病个体为媒介遍布整个养殖水体，所以在治疗用药或调节水质时，是以整个水体或集中起来的养殖群体为治疗对象。当然对于一些大型的或极珍贵的养殖品种或保护级种类，也可实施精确地治疗。
　　防治一体
　　判断一个养殖水体的水产动物是否患病时基于抽样或统计数字，并不是一个水体中的养殖对象全部患病才治疗。所以在实施群体治疗过程中，对那些未表现患病症状的个体，治疗措施是一种预防。
　　内外兼治
　　内外兼治是指治时体内、体表、水环境都要考虑。由于水产动物生活的介质是水，一些病原会随着水、动物的排泄物、饵料等到处传播，仅治某一方面是不够的。比如鱼类患了肠炎病，仅内服药饵是不够的，一是患重病的鱼吃适量不够，药物剂量达不到；二是病原随着排泄物，在水体中到处都有，因此必须对水体进行消毒。
　　药物来源多样化
　　水产养殖业发展总体要晚于畜牧业，在药物使用上多借鉴人药、兽药，再就是一些水质消毒剂。借鉴其他药物大大降低了研发专用药物的成本，也存在着一些问题，即一些共用药物的耐药性、药物积累、对环境污染等问题。所以要多使用一些环保、低毒、高效的水产专用药是今后的发展方向。