牡丹常见的病害有红斑病、灰霉病、褐斑病、锈病、炭疽病、白绢病。在牡丹的整个栽培过程中，往往由于气候、土壤重茬及管理不善等多种因素导致病虫害发生，以致危害牡丹的正常生长发育，使其长势变弱，花色衰退，丹皮产量低，品质差。因此，加强牡丹的病虫害防治工作是保证其健壮生长的重要措施。

上述病害的防治方法是：栽植前用500倍70%的托布津加新高脂膜800倍溶液浸根10分钟。发病后用用50%多菌灵800倍液加新高脂膜800倍液喷雾。发生锈病须喷300倍敌锈钠。牡丹的虫害不多，主要有介壳虫、蛴螬、卷叶蛾等。蛴螬咬食牡丹根颈部，发生较为普遍而严重。当发生蛴螬等地下害虫为害时，可用5%的辛硫磷颗粒剂(每亩用药2公斤)均匀撒施于土表，然后翻入土中(约20厘米)，防治效果良好。

在整个防治过程中，要做到以防为主，群防群治。应重视石硫合剂、波尔多液等传统杀菌剂的应用，在这些杀菌剂种加入新高脂膜，成本低，效果好。另据观察，在牡丹地块中适当间作一部分国槐、杏等乔木树种，可有效降低叶部病害的发生，促进生长势的增强，这可能是牡丹在其原产地长期适应自然环境的结果。