在烟草生产上，种子处理有助于消灭潜伏在种内和附在种外的病原菌，加速种子发芽，达到消灭预防病虫害，培育壮苗的目的。种子处理包括精选、晒种、消毒、催芽、包衣等一系列技术措施。
一、种子精选
种子精选就是利用器具、机械等工具或水浸的方法选择籽粒饱满、生活力强的种子的过程。常用的选种方法有以下三种，可综合利用。
筛选 先通过30目筛，隔出大粒杂质，采用50-60目铜筛过小粒杂质和尘土。
风选 风选的方法有两种，一种是借助于自然风力，将轻而小的种子加以分离，此方法较费劲，而且不容易控制，宜在种子量小时使用；另一种是利用种子风选器进行风选。此法精选效果好，而且工作效率高，种子量多时采用此法最适宜。
水选 利用烟草种子和水的相对密度不同进行选种。烟草种子的相对密度为0.9，水的相对密度为1，这样刚放入水中的种子几乎全漂浮于水面，浸2-3小时，每小时搅动 1~2次，种子吸水后比重增加，成熟饱满的种子下沉，成熟不良的种子仍漂浮在水面上，这时去除漂浮在水面上的不良种子，取出下面的种子供播种使用，若尚不播种可晾干保存。
二、 晒种
种子在催芽前应放在15-20℃温度下晒2-3天，以促进种子的代谢作用，加强酶活动，对提高种子的发芽势和发芽率及幼苗的生长发育，有良好作用。
三、消毒
种子经过消毒，可消灭附在种皮上的炭疽病和各种细菌病的病原菌，收到防病保苗的效果。常用的药剂有2%福尔马林溶液、1%硫酸铜溶液、0.5%的升汞溶液和1%的硝酸银溶液，浸泡20-40分钟后，将药液洗净，以备浸种催芽或干播。
四、浸种催芽
（一） 浸种搓种
浸种的目的是为了软化种皮上的角质和胶质，方法是将洗净药液的种子置于洁净小白布袋，每袋盛种子50-100克，半袋为宜，放入25-30℃温水中泡8-10小时，反复轻轻揉搓，去掉种子上的角质和胶质，然后用水冲洗至布袋内流出水无色或仅仅有淡淡棕色为止，种子变为淡黄色，置于20-25℃温水中12-24小时，使种子充分吸水。
（二）催芽
在浸种搓种的基础上，控制适宜的温湿度，使种子漏嘴发芽，也叫露白。催芽是促进种子迅速、整齐萌发，提高出苗率，缩短苗床期的有效措施，云南省烟草科学研究所试验，播种芽比播种干种子出苗期提早16-19d，成苗期提前17-21d，催芽应在播种前一周进行。
1. 催芽的环境条件
（1） 温度 催芽温度要适宜，不能过高或过低，过低发芽慢，过高则可能伤害种子或者发芽迅速但不整齐。最适温度25-28℃，低于9-11℃ 则不能发芽，高于28℃则发芽快，芽子弱，高于30-40℃则种子发芽收到损伤。低于18-20℃则芽生长缓慢。催芽时对种子进行适当的光照，对种子萌发有促进作用。
（2） 水分 催芽时以保持种子疏松和湿润的状态为宜，过干则延长发芽期，过湿则氧气不足，妨碍呼吸，会出现“僵芽”现象。催芽时使种子保持经常湿润，互相接触但不沾为宜，当种子含水量达到65%-70%时，就开始发芽。
2.催芽方法
（1）温室催芽 室内设置火炉和传热火管，来提高和保持适宜的温度，室内挂有温度计，将种子袋或发芽罐放置于发芽床或发芽架上，每天观察，翻动种子，并用温水冲洗种子促进发芽。此法适用于以乡镇为单位的集中催芽。
（2）温缸催芽 此法便于控制温度湿度，简单易行。具体方法是：在大缸内装半缸麦秸或谷壳，然后在上面放一大盆，盆内装满热水，在盆内放一支架，将装有种子的瓦罐（约占瓦罐的1/4）放在支架上，罐内插一支温度计，缸口盖棉被保温。每天换2-3次热水，摇晃瓦罐3-4次，并用温水冲洗2-3 次。保持温度25-28℃，逐步降到22-25℃，当种芽等长时即可播种。此法适于以村为单位的催芽。
（3）灯泡催芽 在一容器内盛放适量温水，容器中间放一支架，支架下挂一灯泡做热源，板上放催芽罐，罐内插一温度计，缸口盖棉被或麻袋保持温度25-28℃，此法适于少量烟种催芽。
无论采用哪种方法都是将搓过的种子放在白布袋内，先在温水中泡10-12小时，然后将布袋移入新瓦罐内，放在保温的地方，并经常搅动，以便通气和补充水分，到60%的种子露嘴达烟芽与种子等长时，即可播种。
