现代集约型农业种植中，施肥不仅是为了获取作物的增产与增收，还要培肥土壤提高农田质量，实现高产优质和环境友好的可持续发展。所以，近年来出现了重视有机肥与化肥配合施用的趋势。
有机肥的优点是含营养元素种类多，包括大量、微量各种营养元素，并含有大量的有机物、维生素等活性物质。
常年施用有机肥能使土壤有机质得到更新或提高，改善土壤理化性状，明显提高土壤质量。但其缺点是养分含量低，而且养分形态主要呈有机态，需要经过土壤微生物逐步分解，才能转化成植物可以吸收利用的形态，因此养分供应强度低，难以满足高产作物快速生长期的需要。
在施用上，要考虑到有机肥种类多、特点不一的特性，不仅相互间搭配还要与适量化肥搭配施用。以畜禽养殖业所产生的废弃物来说，这类有机肥的数量很大，随着畜禽产品生产的快速发展而增长得极快，如果不花大力气对畜禽粪便进行科学处理和施用，不仅会造成蔬菜、果树以及烟叶、茶叶、马铃薯等众多经济作物失去大批量价廉物美的肥料资源，还会降低这类农产品的产量和品质，进而会造成农区环境恶化，不利于新农村建设。所以，首当其冲地要在经济类作物生产中，充分开发和合理施用粪尿类有机肥源。由于粪尿类有机肥的主要特点是养分含量高于其它有机肥，但是其碳氮比（C/N）范围比较窄，一般在6～10之间，为此，要添加部分粉碎的秸秆组成混合有机肥施用。这样既可实现农村环境的清洁化又可保证果蔬类农产品的质量和安全性。施用粪尿类有机肥可以部分地替代化学肥料对作物的氮磷养分供给，从而减少化肥的施用量，提高化肥利用率。
除了经济作物外，还要纠正一种倾向，那就是粮食作物大田生产只靠化肥而不施有机肥，长此下去不仅粮食生产难以持续稳定增长，还会使农业面源污染日趋加重。在向广大农田推荐有机肥施用时，首先要注意有机肥的种类、来源和成分，大田有机肥更要着重以秸秆还田为主，适当配合化学氮肥，调节其碳氮比例，促进有机物分解和土壤微生物群落的活跃与优化。如果大田要大量施用粪尿类有机肥，不仅肥源难以保证，而且粪尿类有机肥对大田土壤有机质的提高和培肥的作用不大，主要作用是促进有机质的循环与更新，因此，粪尿类有机肥应主要用在经济作物生产中，尤其是新菜地、新果园等。
现代集约型农作物栽培体系中，有机肥的合理使用要注意：
其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化过程。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，一要技术，二要劳动力。当前农村缺乏壮劳力，生粪起出后，往往数月甚至半年堆积在村头路边，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失和虫卵病菌的传播。等到了春季农业生产该用肥的时候，直接上到地里。这是不科学的做法，这种现象应该改变。
其二，适量施用。控制粪肥用量的做法，欧盟国家已提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在 170吨（氮）/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分蓄积和水体污染。由于粪肥富含有机氮，其分解的最终产物也是硝酸盐，同样会对水体和环境产生污染，粪肥还可能有重金属超标等问题。
因此，我国在高投入集约化经济作物生产中，应该应用测土配方施肥的技术，同时规范有机肥和化肥的用量。提倡有机肥与化肥配合施用。二者适宜的供氮量比例以各占一半为佳。
对于高投入高产出经济作物的施肥，要注意粪肥的控量施用，这是科学合理的。在养殖业日趋发达的今天，超量产出的粪肥应该向粮食作物的大田施用，这将有利于我国粮食生产的可持续发展和减少部分农田的有害气体排放。
其三，粪肥的制作除了发酵转化以外，还要调节碳氮比，添加秸秆的成分、加宽碳氮比，提高粪肥的改土功能。
总之，在农作物高产体系中，有机肥的施用只有合理才可持续，那些片面偏多的施肥观念并不利于优质、安全的生产。应该说有机肥与化肥的配合施用是一项科学施肥的策略。
