瓜菜病害严重影响瓜菜的品质与产量。因此，做好瓜菜种子消毒预防病害发生，是提高瓜菜产量和品质的重要措施。
　　1、种子消毒温汤浸种法。适用多种蔬菜种子的简易消毒。消毒时将种子放入55℃的温水中，用水量是种子体积的3-5倍，不断搅拌15-20分钟，待水温降至35℃时停止搅拌，继续浸泡4-6小时，然后进行催芽。此法有利播前种子吸水，软化种皮或种壳，可增强种子的发芽势，提高种子的发芽率，对附着在种子表皮上的真菌或细菌都具有较好的杀伤力，可减轻瓜菜类苗期病害的发生，利于苗全、苗壮，提高产量。
　　2、种子消毒干热消毒法。此法适用番茄、茄子等。将种子含水量降至7%以下，置70-72℃的烘箱中，烘烤3小时后取出，浸种催芽，可杀死种子内、外的致病菌。此法要求的技术较高，操作难度大，仅适于技术水平较高 的瓜菜专业户使用。此法杀菌效果好，杀菌彻底，尤其对种皮内带菌的种子预防效果更好。
　　3、种子消毒热水烫种法。此法适用难以吸水的种子（如冬瓜、西瓜等），要求水温70-75℃，用水量为种子重量的3-5倍，种子要充分干燥，烫种时要用2个容器，将热水来回倾倒，最初几次动作要快，当水温降到55-60℃时，改为不断搅拌，保持此温7-9分钟效果较好。
　　采用种子消毒药液浸种法
　　将种子浸在要求浓度的药液中，经过5-30分钟后取出，洗净、晾干，或催芽的1种消毒方法。浸种后种子要用清水冲冼干净，以避免引起药害。药液用量为种子重量的1倍。常用药剂有1.0%硫酸铜液或1.0%高锰酸钾溶液、40%甲醛（福尔马林）100倍液等。如防治辣椒炭疽病和细菌性斑点病，先用清水浸种4-5小时，然后用1.0%硫酸铜液浸种5-10分钟取出用清水洗净催芽;防治黄瓜、西瓜炭疽和枯萎病，可先将种子用清水浸2-3小时，再浸入40%甲醛100倍液中，30分钟后取出，用清水洗净后催芽；
　　防治番茄、茄子褐纹病，可先将种子用清水浸泡3-4小时，再浸入40%甲醛100倍液中，20分钟后取出，密闭于容器中2-3小时，再用清水洗净即可催芽播种；防治番茄、辣椒类病毒病，可用10%磷酸三钠溶液在常温下浸种20分钟，捞出后用清水洗净浸种催芽。