如果发生种子质量问题，供种方与种子使用方要就发生的问题进行认真的分析，明确双方责任，协商解决。如协商失败，可向种子管理部门申请解决。
    一、双方协商解决
    使用方一旦发现种子有质量问题，应马上采取措施，先将留存的种子封存，留作鉴定时用。如果能现场拍照，最好及时拍下受害情况，然后立即与种子销售者交涉，说明种子存在什么问题并协商解决问题的方法。如双方达成协议，则应履行协议。
    二、向当地种子管理部门提出申请
    如协商不成，双方或一方向有关部门，如当地农业行政主管部门(农业局)和种子管理站提出申请。申请时要注意提交有关证据和资料，如购并发票或发生问题的田间照片等，并说明要达到的要求。主管部门一般会受理并首先依法进行调解工作，如调解失败，则进行质量责任的鉴定工作：①对留有种子的，委托有种子质量鉴定权限和资质的种子质量检测单位依照国家柑关标准，采取合法程序进行种子质量检验，并出具具有法律效力的检验报告，管理部门依此依法进行处理；②对没有留种的，可由管理部门组织专家进行现场鉴定；③对既没有留种又没有现场可供鉴定，也没有相关资料和证据的，进行协商调解。
    三、向其他有关部门提出申请
    当事双方不愿意通过协商、调解或者协商、调解不成的，可根据有关协议或者证据资料向仲裁机构(如消费者协会、工商部门)申请仲裁。
    四、可以直接向人民法院起诉
    受害方也可以不采取上述方法，直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。对种子经销商之间的质量纠纷，在首先对受害农民进行赔偿的基础上，按以上方法申请解决。