烟草不育系种子已在我省大面积推广应用，为生产出高质量的烟草不育系种子需要对种子进行认真清选。烟草不育系种子生产专业性、技术性较强，为充分提高种子的利用率，保障种子的播种品质和贮藏品质，在种子收获之后，入库之前必须经过认真的清选。
 
　　经过清选的种子，种子的贮藏品质，播种品质得到了全面提高。具体表现在：由于种子千粒重、净度和发芽率得到了全面提高，播种后苗齐、苗全、苗壮；同时由于种子质量提高，播种量降低，种子的利用率提高，间苗的用工量降低。
 
　　种子的清选可用筛选、风选、水选、机选等方法进行，其中筛选、风选相结合是较为常用的方法。
 
　　1 筛选：刚收获脱粒的烟草不育系种子还夹杂有各种杂质，为此需要根据种子及各种杂质的物理特性差异，利用物理或机械的方法，采用不同规格的筛子，对种子进行认真的、反复的筛选，将种子中的杂质彻底清除，直至种子净度达标。
 
　　2 风选：风选是按空气动力学特性进行的风选。由于烟草种子细小，筛选后种子内仍然存在一些与种子大小相差不大的杂质和瘪小的种粒，这些杂质和瘪小的种粒由于体重较轻，难于清除。此时，可选用风选方法清除杂质和秕粒。一般用手摇风箱反复清选。
 
　　风选后的种子仍然夹杂一些与种子大小、重量相等，表面特性、颜色不同，为数不多但难以清除的粒状杂质，这些粒状杂质可选用60目铜筛反复筛隔，同时手工捡除。
 
　　3 水选：水选是利用不同的比重，将杂质、病原物同种子分开。烟草种子水选一般是在包衣前或播种前，用大盆或在池内浸泡6-8小时，其中每小时搅动1-2次，取下层种子。水选一般可结合药品浸种进行。
 
　　4 机选：机选是应用专业机械进行选种的方式，根据实际情况，选用符合自身条件的种子精选器械进行种子的精选。