一、防杂：棉种在收获、辗轧、存放的时候，都要因品种分开单独进行，避免人为混杂和机械混杂，以确保种子的纯度和质量。仓库大量贮藏时，最好采取袋装，并在种子入库时挂牌标明品种的名称、等级、产地、入库年月。在翻晒、倒仓、加工精选、调运以及出库销售时，要认真检查核对标签，以防混杂。一个库房内存放多个品种的，散落在地面上的种子不得再做种。
　　二、防潮：种子受潮，呼吸作用旺盛，养分消耗多，往往会使棉种发芽率降低，甚至丧失。因此，不论是仓库大量贮藏，还是农户少量存放，都要注意防潮。家庭存放不要放在湿度大的地方，仓库大量存放时，库房地面最好放置垫木，再把种袋垛在垫木上。
　　三、防热：棉花是多次收获的作物，不同收获期的棉籽，其成熟度、含水量都有很大差异，如果大量堆放，常常造成种子呼吸作用加强，如果通风不好，很容易引起种堆发热。因此，棉种入库前必须充分晒干，使含水量降至12％以下，同时，种袋不要垛得过高，装至仓容的一半左右即可，最多不要超过仓容的70％，贮藏期间要定期检查，当发现种子微热时，就要及时将种袋摊开散热降温。
　　四、防鼠：冬季，天寒地冻，棉种仓库是老鼠躲藏和食宿的理想场所，必须采取有效措施防止老鼠咬坏种子。可在仓库各处放置药物，毒杀老鼠；也可在仓门口设置防鼠板，阻止老鼠进入库房。