大棚拔园后，应注意清洁园地。清洁园地就是要搞好棚内卫生，主要是把遗留在棚内的枯枝烂叶清理出棚外，并集中销毁，以免成为新的传染源，棚外的杂草也要清理干净，以铲除害虫寄居繁殖的场所，这是防止病原菌侵染循环的一项重要措施。
　　清理完园地后，应在棚室内进行一次全面的消毒。棚室消毒一般采用硫磺熏烟法，熏烟前先把放风口密闭，每立方米空间用硫磺4克，锯末8克，于晚上7时，每隔2米距离堆放锯末，摊平后撒一层硫磺粉，倒入少量酒精，逐个点燃，24小时后放风排烟。此法消毒效果好，成本很低，取材方便。也可采用45%百菌清烟熏剂或30%速克灵烟熏剂，前者对多数真菌性病害有防效，速克灵烟熏剂或百菌清和速克灵混合烟熏剂对灰霉病为主的病害防效显着。每亩用量为：30%速克灵熏烟剂300～500克，45%百菌清烟熏剂200～250克，均匀放置后，分别点燃，随即密闭棚室烟熏2～3小时，效果良好。
　　大棚骨架及营养钵、铁锹、工作服等辅助设施也要进行消毒。可用1%～2%福尔马林水溶液均匀喷洒或洗刷后放在棚内高温闷棚消毒，均能收到好的效果。
　　棚室消毒完毕后，应及时翻地晒土，并进行土壤消毒，以防止下茬蔬菜土传病害的发生。土壤传播侵染的病害有黄萎病、青枯病、枯萎病。防治这些病害，可在定植前半个月，沿畦沟浇福尔马林100～200倍液，然后用聚乙烯薄膜覆盖并密封5天，一星期后，在药剂全部挥发后方可定植。也可用50%的多菌灵、50%托布津、75%敌克松1000倍液、双效灵、抗枯灵300倍液喷洒土壤。
　　处理完土壤后，可密闭棚室，进行高温闷棚。这也是棚室消毒中一项最重要的消毒措施。此方法是选择晴天，将大棚封闭，利用太阳光和棚内高温进行室内消毒，一般5～10厘米深土壤温度可达40～60℃，最高土温能达50～70℃，可密封暴晒15～20天。为防治根结线虫病，可结合高温闷棚，在棚内用溴甲烷熏蒸，效果更好。