贮藏用的番茄采收前2天不宜灌水，以防止果实吸水膨胀和果皮产生裂痕，从而导致微生物感染和果实腐烂变质。应在早晨或傍晚无露水时采摘，采摘时轻拿轻放，避免造成伤口。包装容器不宜过大，以免上面的果实将下面的压伤。采收后，应放在阴凉通风处散热，或放在冷库内预冷到13摄氏度，然后挑选分级入库贮藏，成熟度不同的果实要分别存放，便于管理。
　　1.塑料帐气调贮藏法 将装好的番茄堆码在窖或通风库中，用塑料薄膜将码好的垛套上，封住口成为塑料帐。利用番茄本身的呼吸作用使塑料帐内的氧气逐渐减少，而二氧化碳逐渐增加，以此来减弱番茄的呼吸作用，延长贮藏期。在贮藏期间，每隔2～3天将塑料帐揭开，擦干帐壁上的小水滴，15分钟后重新套上，封住门，以补充帐内新鲜空气，排除帐内过多的二氧化碳，避免番茄腐烂。每隔10～15天翻垛检查1次，挑出病果。用此法可贮藏l个多月。
　　2.硅窗气调贮藏法 薄膜越薄其透气性越好。试验结果表明：在其他贮藏条件相同的情况下，使用0.08毫米厚的硅窗，帐内氧的含量将控制在6%左右，二氧化碳在4%左右，效果较好。番茄采用硅窗气调贮藏时，要求硅窗面积的大小与品种的呼吸强度、温度高低成正比。在固定容积的贮藏帐内，随着贮藏量的增多或减少，硅窗面积也需作相应的扩大或缩小。一般有效体积为4立方米的塑料薄膜帐，贮藏550公斤需要开0.45～0.5平方米的硅窗。
　　3.薄膜袋贮藏法 将青番茄轻轻装入厚度为0.04毫米的聚乙烯薄膜袋（食品袋）中，一般每袋装5千克，装后随即扎紧袋口，放在阴凉处。贮藏初期，每隔2～3天，在清晨或傍晚，将袋口打开15分钟，排出番茄呼吸产生的二氧化碳，补入新鲜空气，同时将袋壁上的小水珠擦干，然后再扎好密封。贮藏1～2周后，番茄逐渐转红。如需继续贮藏，则应减少袋内番茄的数量，只平放1～2层，以免相互压伤。番茄红熟后，将袋口散开。采用此法时，还可用嘴向袋内吹气，以增加二氧化碳的浓度，抑制果实的呼吸。另外，在袋口插入一根两端开通的竹管，固定扎紧后，可使袋口气体与外界空气自动调节，不需经常打开袋口进行通风透气。
　　4.吸附剂贮藏法 方法一：把沸石、膨润土、活性炭、氢氧化钙按①50∶50∶0∶0；0∶50∶50∶0；35∶30∶35∶0；045∶45∶10的比例配制成不同组成的复合保鲜剂，在其中一种保鲜剂中取10克，装入一透气的小袋内，再把小袋放在盛有4千克番茄的容器中。在20℃的温度下封存，容器内的番茄14天内颜色不转变，21天内无霉菌生长。可使番茄的贮藏期延长3倍左右。
　　方法二：将30份佛石、20份活性炭、30份硫酸亚铁、30份氢氧化钙和1份水混合配成复合保鲜剂。将此混合物称10克装入一内衬有多孔聚乙烯薄膜的小纸袋内，并用0.5克水将纸润湿，然后与番茄一起封装在一个大聚乙烯袋中。在一定温度下贮藏60天，番茄颜色不变。
　　5.防腐膜贮藏法 涂料的配制：蜜蜡10份，酪玩2份，蔗糖脂肪酸酯1份，经充分混合制成一种乳浊状涂料。用保鲜涂料徐于番茄梗部形成防腐膜，可有效地控制番茄的呼吸强度，达到防腐保鲜，延迟成熟的目的。