微生物肥料是指用特定微生物菌种培养生产的具有活性微生物的制剂。它无毒无害、不污染环境，通过特定微生物的生命活力能增加植物的营养或产生植物生长激素，促进植物生长。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，现介绍五种适宜无公害农作物的微生物肥料。
　　一、固氮菌肥料。微生物自生或与植物共生，将大气中的分子态氮气转化为农作物可吸收的氨的过程，称为生物固氮。生物固氮是在极其温和的常温常压条件下进行的生物化学反应，不需要化肥生产中的高温、高压和催化剂，因此，生物固氮是最便宜、最干净、效率最高的施肥过程。能在土壤中和许多作物根部固定空气中的氮气，为作物提供氮素营养，又能分泌激素刺激作物生长。此类肥料主要有自生固氮菌、联合固氮菌等。
　　二、根瘤菌肥料。根瘤菌肥料，是指含有大量根瘤菌的一种生物肥料，能在豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物氮素营养，主要有大豆、花生、绿豆等根瘤菌剂。根瘤菌肥主要用于拌种，在播种前，将菌剂加适量的清水拌成糊状，再与种子拌匀，置于阴凉处，稍干后拌少量泥浆裹种，最后拌磷、钾肥或加少量钼、硼微肥，立即播种。根瘤菌肥的用量，因作物种类和菌剂质量而定，如大豆一般每公顷用菌剂3750-15000亿个活的根瘤菌，质量好的菌剂（活菌数2亿—3亿个以上）每公顷用2250 克左右，注意菌肥拌种时，不能拌入杂菌、农药以免影响根瘤菌的活性。另外，由于根瘤菌具有专一性，在施用时，应根据菌剂的特性选择相应的种子，否则不能结瘤固氮。如大豆根瘤菌只能用于大豆、黑豆等作物，而不能用于豌豆和紫云英等作物。
　　三、磷细菌肥料。磷细菌肥料是能强烈分解有机或无机磷化物的微生物制品，其中含有能转化土壤中难溶性磷酸盐的磷细菌。能把土壤中难溶性磷转化为作物可以使用的有效磷，改善作物磷素营养。其种类有磷细菌、解磷真菌等。磷细菌肥料按生产剂型不同分为：液体磷细菌肥料、固体磷细菌肥料和颗粒状磷细菌肥料。其施用方法：磷细菌肥料应用于缺磷但有机质丰富的土壤上效果较佳，适用于各种作物，要求及早集中施用。一般作种肥，也可作基肥或追肥。具体施用量以产品说明为准。①基肥。可与农家肥料混合均匀后沟施或穴施，施后立即覆土。②追肥。将肥液于作物开花前期追施于作物根部。③拌种。在磷细菌肥料内加入适量清水调成糊状，加入种子混拌后，将种子捞出待其阴干即可播种。种子拌种一般随用随拌，拌好后暂时不用的，应放置阴凉处覆盖保存。移栽作物时则宜采用蘸秧根的办法。
　　四、硅酸盐细菌肥料。能对土壤中云母、长石等含钾的铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、磷与其他灰分元素，改善植物的营养条件。主要有硅酸盐细菌、其他解钾微生物等。目前的硅酸盐细菌肥料剂型主要是草炭吸附的固体剂型，其生产条件、工艺要求、质量要求、使用方法与一般的微生物肥料相同，主要用于缺钾地区。我国农业土壤中的缺钾问题日趋明显，而我国钾素化肥生产能力严重不足，每年需要进口。实际上土壤中钾的总含量并不缺乏，只是速效钾供应不足，研究和开发利用解钾微生物，阐明其作用机理是微生物肥料研究和应用中的一个重要课题。硅酸盐细菌肥料适宜施用的作物种类多，在棉花、烟草、甘薯、玉米和果树等上表现出较好的效果，产量的增加达10％左右，并能提高品质。施用方式主要为拌种、穴施和根外追肥。
　　五、复合菌肥料。含有上述两种以上有益的微生物，他们之间互不拮抗并能提高作物一种或几种营养元素的供应水平，并含有生理活性物质。