根据测土和作物种植，给农民开施肥配方是测土配肥的第二个环节，不能开出科学有效的施肥配方，科学测土配肥失去了测土的目的和意义。科学施肥配方应考虑以下十个因素。
1.作物的营养需求
科学配方要符合作物的营养需求曲线。由于不同作物品种有不同的营养需求曲线，所以要综合考虑作物种类，不同品种、不同生育期的需肥特征进行推荐施肥。
2.作物的营养吸收能力、特征与调节技术
作物的吸收能力与作物品种和作物生物调节技术及土壤环境条件有关，不同的作物品种、不同的生物调节技术可以构成不同的作物营养吸收能力。另外，不同作物吸收营养的方式、特征不同，如根的深度、分布不同，对施肥要求也不同。在测土配肥中不能单纯的推算出一个数值，此外还要综合考虑植物吸收特性产生的影响。
3.土壤的营养含量
科学测土配肥就是准确测试具体地块土壤基础养分含量，根据作物目标产量所需要的养分含量，估算出作物所需养分补充量，再结合当地各种实际影响因素确定合理有效的施肥比例、施肥量和施肥方法。
4.土壤的保肥、释肥特征
科学配方要符合作物的土壤保肥、释肥特征。土壤保肥性是指土壤能够对养分的吸收（包括物理、化学和生物吸收）和保蓄能力。肥料要发挥作用，首先要求土壤对其有保存作用，然后是要有一个好的释放性能，才能保证作物的吸收量。然而，不同的土壤有不同的保肥释肥性，因此在配方施肥中一定要认真考察分析改善土壤保肥释肥性能以提高肥效。
5.肥料的营养含量、质量和性价比
科学配方要根据具体的肥料质量、营养含量和性价比来进行，目的是让农户降低成本和增产增收。
6.肥料的流失特征
科学配方要考虑肥料在环境、土壤中的自然流失曲线和不同肥料掺混后的化学反应流失。不同肥料的化学稳定性不同，化学氮肥施入土壤后，植物对氮的吸收率一般仅为30%~50%，而且不同作物及同一作物不同品种之间，都有明显差异。
7.肥料的释放、吸收特征
科学配方要考虑不同肥料在环境、土壤中的不同释放曲线和同一作物对不同肥料的吸收效率。养分含量相同的不同肥料可以有不同的肥料释放和作物吸收曲线，从而构成了不同肥料利用率、利用方式。
8.肥料的产品、增效技术
科学配方要考虑肥料的不同生产技术和增效技术构成的肥料利用率。对肥料增效技术研究表明，施加肥料增效剂能显著提高作物对养分的吸收量，并且土壤自身肥力也有所提高。可见，在配方施肥中应充分考虑肥料增效剂的功效，施加增效剂与不施用增效剂相比，肥料利用率显著提高，可以节省相当大一部分肥料，在测土配肥过程中要根据是否加入增效剂来增减肥料用量。另外，不同的肥料生产技术和产品技术也会构成不同的肥料利用效率，有些产品技术有明显的提高肥料利用率的特点，如，生物调节技术、肥料增效技术、螯合技术、小分子（易吸收）生产技术。
9.气候的影响因素
温度、雨量、光照等主要气候因素可影响作物对养分的吸收和肥料在土壤中的变化、流失及肥效发挥的快慢。温度升高能促进肥料的分解，光照强弱也直接影响光合作用，水分对养分的吸收也起着至关重要的作用。因此科学配方要考虑环境气候条件的影响。
10.施肥方法和手段
科学配方要考虑当地的施肥方法和手段。虽肥料相同，但施肥方法、手段不同，肥料利用率也会不同。在推荐施肥中应根据不同的作物不同的肥料选择不同的施肥方法，不同施肥方法手段构成了不同的肥料利用率，就应采用不同的施肥量（施肥配方）。所以，科学测土配肥应该包括施肥方法和手段的具体内容，而光给出测土数据或是根据配方生产出复合肥推广应用，其效益就大大减小。
