一般来说，中草药除含有大量多糖、有机酸、甙类、生物碱、萜类以及醇类等多种免疫活性物质外，还含有一些未知的促生长活性物质及一定量的营养物质。这些成分可增强食欲，促进机体代谢和消化酶的分泌，提高营养物质的利用率，加速水产动物的生长发育，提高其免疫力和抗应激能力，改善水产品品质，以下是中草药在鱼病防治中的应用。
　　对病毒性鱼病的防治：每100千克鱼每天用0.5千克大黄、黄芩、黄柏、板蓝根（单用或合用均可），再加0.5千克食盐拌料投喂，连喂7天，对草鱼出血病有一定效果。用牛繁缕、双花凤仙、夜来香、艾草和忍冬5种植物的提取液防治鱼病，忍冬、艾草、牛繁缕都有抗鱼病毒的作用。
　　对细菌性鱼病的防治：用菖蒲、艾叶配伍，另外用金银花、白芷、干姜、甘草、白术配伍治疗白头白嘴病疗效较好，用韭菜配以菖蒲、枫杨树叶、辣蓼、杉树叶治疗白皮症效果较好。
　　对真菌类鱼病的防治：大黄和五倍子药液对水霉菌有较好的抑制作用，大黄浓度为0.4克/升时，对水霉菌病有治疗效果。用五倍子煎液防治水霉病，用芭蕉心加食盐等防治鳃霉病可取得疗效；用生姜加食盐、白酒等拌料投喂可以治疗水霉病。
　　对寄生虫类鱼病的防治：目前，用于防治鱼类寄生虫病的中草药有苦楝、大蒜、百部、槟榔、南瓜子、苦参、大黄和黄芩等。