杂交早稻种子因其生理特性与常规早稻有差异，若按传统的技术浸种催芽，会使种子发芽率低，出苗不整齐，不易培育壮秧。因此，杂交早稻种子在浸种催芽过程中需注意以下几个问题：一、浸种前不宜晒种。常规稻种子浸种前，常常要求晒种1-2天。而杂交稻晒种后接着浸种，发芽率一般要降低5-10%，对于那些生活力弱的种子，晒种的负面影响更大。二、要选种分级。对杂交早稻种子中的芽谷、半壮谷一定要单独选出，与饱满种子分别浸种、催芽及育秧，有利于利用稻种和培育壮秧。选种分级的方法是：每10公斤种子用黄泥3公斤，兑水10公斤，搅拌均匀后将种子倒入溶液中，再将浮在上面的种谷捞出另装，分别洗净即可。三、忌用高浓度强氯精液浸种。高浓度的强氯精会强烈抑制种子发芽。用强氯精浸种消毒，一般用10克强氯精兑水5公斤，浸种3.5公斤，浸泡8小时左右；或者用 80%抗菌剂“402”5克兑水5公斤，浸种3.5公斤，浸泡10小时。上述两种药剂在浸泡种谷之后，均要用清水洗净种谷后再催芽。四、忌浸种时间过长。杂交早稻种子若浸种时间过长，采用温水浸种不能超过12小时，应采用一浸多洗法，即先用30-35℃的温水保温浸种12小时，然后上堆催芽（注意保温），五、忌高温破胸。杂交早稻种子怕热，高于37℃时就会严重抑制种子发芽，高于40℃时种子发芽会被完全抑制。