除草剂的使用方法主要有茎叶处理和土壤处理两种方法。
　　一、茎叶处理：主要包括播前茎叶处理、苗后茎叶处理和苗后定向喷雾。
　　播前茎叶处理是用克无踪或草甘膦等灭生性除草剂将已出土的杂草全部杀死。由于此时作物尚未栽播，故能安全有效的消灭杂草。克无踪和草甘膦是有区别的。因为，草甘膦是内吸除草剂，施药时间距栽播作物需要较长时间，以确保不会影响随后栽播作物的生长，而克无踪是触杀除草剂，且遇土钝化，不会影响作物生长，可以在栽播前两天甚至栽播当天施药。但这种方法对后发杂草难以控制。为了解决这个问题，可以将克无踪和金都尔混合使用，称为“一封一杀”。
　　苗后茎叶处理是用选择性除草剂，比如2，4—D、苯磺隆、氟磺胺草醚等，防除生长在作物周围和行间的杂草。选择茎叶处理剂时，特别要注意除草剂的残效期的长短，有些除草剂的残效期很长，特别是一些磺酰脲类，在土壤中残效期长达数年，对后茬作物的危害严重。
　　苗后定向喷雾是指通过保护罩等保护装置，可以将克无踪等灭生性除草剂用于作物苗后行间除草。
　　二、土壤处理：主要包括播后苗前土壤处理和苗后土壤处理。
　　播后苗前土壤处理是在作物播种后出苗前，用乙草胺、丁草胺、精异丙甲草胺、丙草胺等除草剂处理土壤，起到封闭未出土杂草的作用。这些除草剂的安全性是有差别的。乙草胺和丁草胺对许多作物根系的生长有抑制作用，在低温多雨的季节和地区，危害更加严重。在较敏感的经济作物和蔬菜等作物上，最好不要使用乙草胺。
　　苗后土壤处理是在作物栽播后进行土壤处理，比如用丙草胺，禾草敌、杀草丹等除草剂在稻田插秧后撒毒土，防除刚萌芽的杂草。对于大一些的杂草往往需要采用茎叶处理。