在贝类养殖过程中的灾害主要有二个方面：
一是理化环境的变迁
特别是温度、盐度和营养条件的突然改变，常常造成贝类的大量死亡，恶劣的环境条件，对贝类的卵和幼虫，可造成严重的损害，对于体质虚弱的亲贝，也是—个严重的威胁。
环境的突变，如严寒的冬季、连绵的雨季、酷日的曝晒等都能瞄贝类周围环境中的水温和盐度，超过了贝类所能忍受的范围，会造成养殖贝类如牡蛎、珠母贝、蚶、蛤等大批死亡。
淤泥的沉凝，泥沙的覆盖，也会造成底栖贝类窒息而死。油污染引起大面积海区严重缺氧，对贝类的危害很大。同样，赤潮的发生也会给贝类养殖带来灾害。
因此在养殖贝类过程中，应精心选择适宜贝类的养殖场地，如水温、盐度、营养生物条件比较稳定等；由于亲贝和贝苗对理化环境条件特别敏感，所以在排卵孵化和培育时，对养殖水质经常进行采样检测，并进行污染物和赤潮的预防，在污染和赤潮发生之前，将贝类移至安全海区。
二是来自敌害生物的侵袭贝类养殖中的主要敌害有鱼类、螺类、寻氏肌蛤、章鱼、海星、海燕、蟹类、海产涡虫及附着生物，防治有：
(1)敌害鱼类的防治：首先应在养殖区周围挡网片、苇泊等防止敌害鱼类的进入，一旦有害鱼进入，可用鱼藤精或茶饼清除。一般鱼类用1%的鱼藤精汁即可杀除，茶饼以每亩滩面用量4kg-7.5kg为宜。但茶饼对缢蛏有杀伤作用，因此在蛏田严禁使用茶饼。
(2)敌害螺类的防治：肉食性螺类也是贝类养殖的敌害，如红螺、扁玉螺、福氏玉螺、斑玉螺、荔枝螺等，它们常用足包缠住贝类，使贝类窒息死亡，然后吃其肉分泌一种酚性物质，在贝壳上穿一孔，吃食贝肉。因玉螺、壳蛞蝓常潜入泥下，可用0.2%-0.3%的石炭酸喷于滩面，迫使其出穴，然后捕捉。但在砂蚬田内使用时，浓度应低于0.1%。
(3)寻氏肌蛤：又称海皮癞、短齿蛤，是埋栖贝类的敌害。常在5月-6月份大批出现在贝类育苗场及养成区，覆盖滩面，侵占幼贝附着的地盘或影响贝类的摄食和呼吸，甚至将贝类憋死。发现寻氏肌蛤时，可组织人力采捕，或用耙在滩面上拖拉，拉断足丝，使其随潮水漂走。
(4)章鱼的防治：章鱼有长蛸和短蛸，常在贝类养殖区筑穴潜居，涨潮时出穴吃食贝类，它是缢蛏、泥蚶、砂蚬、扇贝、鲍鱼的主要敌害。在养殖管理中，应经常寻找蛸洞挖捕，或利用章鱼喜在螺壳产卵的特点，在其产卵期利用螺壳进行捕捉。
(5)海星、海燕的防治：海星和海燕对低潮线以下的扇贝、鲍鱼、牡蛎、砂蚬子等危害严重。海星大量繁殖时，可造成扇贝大量损失。因此，在贝类养殖区，必须消除海星和海燕，可使用底拖网进行捕捞，捕到的海星运到陆上沤肥，不可撒碎后扔到海中，因为，海星的再生力很强，破裂的每一部分均能重新形成新的个体。
(6)蟹类的防治：蟹类能损害贝苗或成贝，尤其是日本鲟(石蟹)侵害贝类十分严重，因此，可事先在采苗场或育苗场按每亩撒菜饼4kg清除蟹类。
(7)海产涡虫的防治：涡虫是一种姜片状的椭圆形的动物，体长3cm-6cm，宽1.2cm。春、夏在养殖区出现主要危害养殖的蚬子。清除涡虫的办法是在晴天时，每亩蚬田撒菜饼4kg-5kg。
(8)附着生物的防治：贝类的附着物有藤壶、海鞘、苔藤虫、穿孔海绵等，它们主要侵占养殖牡蛎的固着基，或附着在贝类的壳上，影响贝类的生存、摄食和呼吸。因此可利用藤壶与贝类繁殖的差别，正确掌握采苗季节，减少藤壶附着量，对附着在岩礁或牡蛎采苗器上的藤壶，在牡蛎附苗前清除。
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