首先，做好隔离，防止混杂。苦瓜是异花授粉作物，一般留种大棚附近最少需隔2公里以上，才能种其他苦瓜品种。否则不同品种之间容易传粉杂交，使留种混杂不纯。因此，在留种的时候，要打听好周围的菜农是否也是种植的同一品种，防止混杂。为了尽量保证苦瓜品种纯净，还要特别注意大棚的隔离，避免蜜蜂等传粉昆虫进出，影响留种的纯度。一般来说，可在通风口设置防虫网，防止蜜蜂、蝶类、蝇类、甲虫等潜入。授粉前，还要注意喷洒一遍杀虫剂，杀灭棚室内的各类昆虫，避免其传播花粉。
    其次，选好种株，留好种瓜。一般来说，应选择生长健壮，无病虫害，结瓜多，瓜形端正，具有本品种特征的植株作留种株。而挑选种瓜时，要选择瓜型好、生长快的2-3个瓜作种瓜，其余嫩瓜及早摘除，集中养分长种瓜。为保证留种植株的质量，可以对留种的植株单独呵护，采用穴施肥料，叶面喷肥的方法，保证留种质量。当种瓜已充分成熟开始转黄时便应采收，用刀剖开瓜蒂部深约5-7厘米，取出内部种子。
    再次，要注意洗种与贮藏。苦瓜种子取出后，应用清水洗去种瓤，把种子摊开阴干后，装入布袋内，放在通风干爽处贮存。也可把种子用玻璃杯盛装，先在玻璃杯里放入新鲜稻壳厚约3-5厘米，再放入种子，上面再用稻壳覆盖，然后放在阴凉通风处贮存。
    另外，注意播前处理。因为苦瓜是自留种，留种期间种子外表可能会带有病菌，因此播前要经过处理。一般来说，将种子用清水浸4小时，再浸于10%磷酸三钠溶液中20-30分钟后捞出，清水洗净，可预防或缓解杂菌对蔬菜的为害。药剂浸种以后，必须先用清水冲洗干净，晾干种皮以后才能催芽。催芽后根据种子发芽特性，在人工控制下给以适当的水分、温度和氧气条件，促进其发芽快、整齐、健壮。催芽结束后，即可将种子播入苗床或者穴盘开始育苗。