一、发病早：早期(3-5日龄)出现呼吸道症状。临床表现轻微甩鼻、咳嗽，尤其在新城疫首免后(10日龄)，由于免疫反应和疫苗对呼吸道的刺激，引起体内支原体或衣原体的大量繁殖，呼吸道症状加重，但死亡率不高。用大环内酯类药物治疗，一般不能完全康复。
二、法氏囊首免后，呼吸道和肠道症状更加严重。法氏囊免疫过后，免疫反应造成呼吸道症状加重，并且伴有腹泻，养殖户在此期间使用大量的抗肠道和呼吸道感染药物，效果表现不一，期间死亡率开始升高。
三、鸡群呼吸道症状和肠道症状没有消失，养殖户心理上开始惧怕免疫接种，把应当加强免疫的最佳时间不断推迟，部分养殖户干脆放弃，转而采用抗生素配合抗病毒西药进行治疗和预防，结果错过了最佳免疫时间，个别鸡群在第三周龄免疫新城疫后，出现大量死亡，而且暴发伴有包心包肝症状的大肠杆菌病。
四、四～五周龄后，鸡群呼吸道症状加重，排黄白绿色稀便，死亡率升高。剖检可见：气管环出血，气管内有粘液，气囊浑浊，胸腔气囊和腹气囊覆盖有黄色干酪物。心脏脂肪点状出血；肝脏表面覆盖黄色纤维膜；脾脏点状出血；腺胃有脓性分泌物，个别腺胃乳头出血；十二指肠呈弥漫性出血；肠道淋巴滤泡肿胀、隆起、出血；法氏囊潮红、出血，白色分泌物增多；直肠条状出血。此时大都采用如下方案：抗病毒西药配合治疗支原体、大肠杆菌的药物，但治疗效果不理想，死亡率每天约在1%的比例。