近年来，各种化肥价格逐年增高。在药材生产中，如何因土、因药通过合理施肥，以较小的投入取得较大的经济效益，达到增产增收、培肥土壤、节本增效目的，是当前急需解决的重要问题。配方施肥是综合应用现代农业科学技术成果，根据药用植物需肥规律、土境供肥状况与肥料效应，在以有机肥为基础的条件下，事前提出氮、磷、钾和微量元素肥料的适宜用量和比例以及相应的施肥技术。其具体做法如下：
　　测土  对耕地有效养分含量进行化验，看药用植物必需的养分哪多，哪个少。
　　配方  对土壤化验结果进行分析后，根据所种药用植物需肥规律、需肥量提出补什么，补多少。（以上两步一般由专业单位完成。）
　　施肥  主要是采取合理的施肥方式（如穴施、垄施、撒施、浇施等）和最佳施肥时期（追肥时期一步由专业单位提出建议，药农实施）。
　　在生产中，如果逐个地块进行取土化验，即先测土，再配方施肥是最理想的，但一家一户都搞很难实现。因此，在肥料选择上应含有氮、磷、钾三元素的肥料，其施用比例为1：0.29～0.40：0.29～0.40较好。如果已买的化肥养分比例不合适，可添加氮肥和钾肥的方式进行调整。
　　注意事项  配方施肥必须在充分了解药用植物营养特性及土壤肥力状况和供应性能、气候条件及栽培技术的前提下进行，合理运筹基肥、种肥、追肥的数量和方法，逐渐形成适宜当地生产条件的合理施肥体系。此外，还应注意根据对有效成分合成与积累的影响进行配方施肥：不同药用植物体内不同有效成分的合成与积累，分别具有不同规律，不同的肥料对其产生的影响也不相同。在进行施肥提高药材产量的同时，必须确保药材有效成分的较高含量。如氮肥对生物碱的合成与积累具有一定的促进作用，而对其他成分如绿泵酸、黄酮类等却有抑制作用。这样，在进行配方施肥时，就需要考虑不同有效成分的合成与积累规律、所施肥料的种类、数量和施用时期，应以提高或保证有效成分的一定含量为原则。
　　根据不同药用植物和不同有效成分，生产与施用药用植物专用肥，是药材生产中需要努力的方向。