黄瓜种子上带有枯萎病、炭疽病、立枯病、角斑病等病原菌，为了能让黄瓜长处更齐、更壮的苗，在有机黄瓜在种植前都会对种子进行消毒的，这样才能为有机黄瓜大丰收打下良好的基础。下面介绍几种黄瓜种子处理方法：
　　种膜剂处理。黄瓜种膜剂内含杀菌剂和多种微量元素。用种膜剂有良好的杀菌效果，同时可使种子质量相对提高，发芽率提高，早期产量增加十分明显。经种膜剂处理的种子可直接浸种催芽，也可直播。
　　有机黄瓜育苗种子消毒以热处理效果最好，温度控制得当，可以杀灭绝大多数种子表皮或胚内部携带的病原真菌和细菌，而不伤害种子。
　　热水高温消毒方法：将有机黄瓜种子或嫁接砧木种子松散地装入绵纱布口袋，37℃水浴中预热10分钟。种子装入量要小于纱布口袋容量的50%。预热过程中不断轻轻摇晃纱布口袋，以排除种子表面空气，打破包围种子表面的气膜，确保每粒种子浸湿均匀彻底。经过预热的种子放入另一个水浴容器中，有机黄瓜种子50℃，砧木种子55℃，保持20分钟，进行高温消毒。
　　高温消毒时间一到，立即将装有种子的纱布口袋放入冷水中或用冷水冲淋降温。种子降温后，根据需要进行杀菌剂或杀虫剂处理，然后再进行浸种和催芽。
　　药剂消毒法。用有效成分0.1%的多菌灵盐酸盐液浸种1小时，用清水冲洗后再用清水浸种4小时，即可浸种催芽。