（1）清除菌源。在秧田或本田翻耕、灌水、耙平时，大多数菌核浮在水面，混杂在浪渣中，飘到田角和田边，可将浪渣打捞带出田外烧毁或深埋，以减少菌源。此外，病稻草不能还田，用稻草垫栏的肥料必须充分腐熟方可使用。同时应注意铲除田边杂草。
　　（2）管好肥水。要合理排灌，不要长期深灌。一般来说浅水勤灌和适时搁田，是减轻发病的有效措施。无论早、中、晚稻，尤其是长势好的田块，要注意在分蘖末期和拔节前后搁田，以控制无效分蘖，避免过早封行，保证稻株有良好的光照条件。在施肥上要注意氮、磷、钾三要素的配合，农家肥与化肥、长效肥与速效肥的配合，切不可偏施氮肥或后期大量集中施用氮肥，以防稻苗徒长和田间荫蔽。
　　（3）药剂防治。应在发病后水平扩展初及时进行。一般水稻分蘖末期丛发病率达15％，或拔节到孕穗期丛发病率达20％的田块需用药防治。
　　主要药剂：5％井岗霉素水剂或可湿性粉剂、申嗪霉素等。戊唑醇、烯唑醇、丙环唑等唑类杀菌剂会抑制水稻体内赤霉素的形成，从而抑制水稻植株生长，一般不宜采用。
　　施药方法有喷雾（加水75公斤）、泼浇（加水400公斤）。在水稻中后期田间比较郁蔽的情况下喷施井冈霉素防治水稻纹枯病，如果采用手动喷雾器喷雾，应适当加大用药量，并加足水量粗喷雾，每亩用水量要达到60公斤以上，将药液淋到稻株基部。采用弥雾机喷药效果更好。弥雾机喷药雾滴细，更容易使药物分布到稻株基部各部位，提高药物覆盖程度，特别是在喷药时稻株上有露水的情况下，喷药后药物会在稻株上重新分布，增加药物覆盖面，提高防治效果。在田间有水的情况下，用弥雾机喷雾落入田间的药物同样会随水进行二次分布，重新得到利用。