人工去雄授粉：杂交后的西红柿果实由黄变红时，就须逐行逐株检查摘除杂异果、畸形果和自交果（根据人工去雄授粉时作的标记辨认）。当果实已完全成熟后，进行采收。采收时再对杂异果、畸形果和自交果进行彻底的清除，然后妥善保管，让果实再后熟一至两天，然后对果肉与种子进行分离处理。

     杂交果实的种子处理：采摘下的果实经过后熟处理后，就可进行果肉与种子的分离处理。果肉与种子的分离处理过程中，禁用铁铝等金属器具，以避免种子接触金属器具后，种皮变黑，影响种子的商品性。处理方法一般采用两种：一是在制种面积小、每次采收的果实量小的情况下，可用刀子将果实切成两瓣，将果实内的种子连同果浆一起挤入装水的大塑料盆或瓷盆中，挤不净时，可在水中冲涮干净（果肉可作菜吃，也可作牲畜饲料）。然后，将挤出的果浆、种子和水放置一天一夜，进行发酵。之后，将果浆、种子连同水装入塑料纺织袋内，用手揉挤，把大部分果浆与水挤出，再倒入盆内，边淘边用手揉搓种子，淘洗2～3次，即可将种子淘洗干净。淘洗净的种子放在木板或芦苇上进行晾晒，晒干的种子放在阴凉干燥处妥善保管，以备封口抽样检验。二是在制种面积大、每次采收的果实量大的情况下，须挖一土坑，内铺塑料薄膜或用大瓷瓮，将进行了后熟处理的果实倒入坑内或瓷瓮内，用木头捣烂或穿胶鞋踩烂，让其发酵一天一夜，用竹筛筛去果皮果肉（可作牲畜饲料）。然后，把果浆和种子倒入大水盆中，用木棍搅一搅，再装入塑料编织袋内用手揉挤，将大部分果浆与水挤出，再倒入水盆内，像淘米一样边淘边揉搓种子，淘洗2～3次，即可将种子淘洗干净。晾晒与贮藏与第一种方法相同。