水稻的常规育种一般指的是系统选育和杂交育种。系统选育是在现有的品种群体肉，根据当地的育种目标，选择某些性状与群体有差别的优良变异单株，经过培育、比较、鉴定，从而获得新的品种。在品种群体中产生性状有变异的单株，一种可能是产生了遗传突变，另－种可能是与其他品种自然串粉杂交，也可能是机械混杂。
　　杂交育种是根据育种目标，将两个或两个以上遗传性有差异的品种或材料进行人工去雄，使用温汤去雄或是剪颖去雄法。然后进行人工杂交，在杂种后代中，一代一代地进行选择培育，以育成新品种。用系统选育和杂交育种选育成的新品种，都是常规稻。
　　水稻的三系育种必须是求稻雄性不育系、水稻雄性保持系和水稻雄性恢复系三系的必备适育新品种方法。常规育种和三系育种是相辅相承的育种方法。选育保持系和恢复系，也要应用系统选育和杂交育种法。如果选育出来的保持系和恢复系在当地表现稳产高产，它就可以成为一个品种在生产上推广使用。例如曾获得全国奖项的滇陇201和滇屯502、滇瑞408等。它们既是常规品种，可以自繁自种，同时也是三系育种中的保持系和恢复系。
　　所以，水稻常规育种和三系育种是一致的，是在利用作物不育性方面，使常规育种方法进一步发展和延伸。随着三系育种的深入，在获得优良杂交组合的同时，随着保持系和恢复系的创造和提高，也将获得更多的优良常规品种。
　　在三系选育品种的科研进程中，出现了两系选育法，也就是不同保持系，只用不育系和恢复系。两系法提出的基础是发现了光敏不育系和湿敏不育系，有人预言两系法将取代三系法育种。由于当前人们还不能控制水稻生长的自然条件，在同一制种地，湿度和光照在每年的同一时间都有一定幅度的变化，用受湿度和光照影响的核不育材料制种，一旦湿度和光照发生变化，制出的种子纯度会大受影响，因而也就会影响杂交稻的产量。适于两系制种的地点条件要求很严，远不如三系法广泛。所以使用两系法制种在云南仅限于水富县。
　　还有人提出一系法，不用保持系和恢复系，其实就是常规制利，常规品种就没有什么保持系和恢复系。