随着农业产业结构调整和科技水平的提高，新型肥料在农业生产中的应用日益广泛，其中农用微生物菌剂作为新型肥料有分解土壤养分、刺激作物生长、提高土壤养分含量，同时还能够产生多种生理活性物质、增强作物抗病和抗逆性、提高作物产量和品质的作用，在农业生产中应用普遍。市场上常见的有硅酸盐微生物菌剂、根瘤菌菌剂、荧光假单胞杆菌等。

　　硅酸盐微生物菌剂

　　硅酸盐细菌一方面由于其生长代谢产生的有机酸类物质，能够将土壤中难溶性磷钾和硅溶解出来为作物和菌体本身利用，菌体中富含的钾在菌死亡后又被作物吸收；另一方面它所产生的激素、氨基酸、多糖等物质促进作物的生长。同时，细菌在土壤中繁殖，抑制其它病原菌的生长。这些都对作物生长、产量提高及品质改善有良好作用。

　　硅酸盐细菌肥料适宜施用的作物种类多，在棉花、烟草、甘薯、水稻、玉米和果树等上表现出较好的效果，如2011年，北京新禾丰在广东省新兴县水稻上布置的“施利康（硅酸盐复合微生物菌剂）”试验结果显示，增产幅度可达10％左右，而且抗病、抗倒效果明显。

　　豆科根瘤菌菌剂

　　根瘤菌与豆科植物具有特殊的互利共生关系，能形成根瘤固定空气中的氮气为植物提供营养。根瘤菌的固氮能力，不仅取决于根瘤菌菌种的质量，而且取决于土壤条件和栽培措施。因此，人们不仅要进行根瘤菌拌种，而且要加强农田管理并适时适量地施用磷、钾肥料和微量元素肥料（如禾丰颗粒硼、禾丰钼等），只有这样才能更好地发挥根瘤菌的固氮能力。通过这几年北京新禾丰在全国各地的“益耕劲（大豆根瘤菌）”、“益耕劲（花生根瘤菌）”试验结果表明，可以节约30%氮肥，而且能有效抑制豆科作物病害发生，提早成熟。

　　荧光假单胞杆菌剂

　　荧光假单胞菌是一种重要的植物根际促生细菌，大部分都具有防病增产作用，因而可用于植物病害的生物防治。荧光假单胞杆菌产生的抗生素是它们抑制植物病害的重要因素，可预防青枯病、软腐病、小麦全蚀病、立枯病和枯萎病等多种土传病害，减少病害发生。另外，荧光假单胞杆菌还可以产生生长素类物质，促进作物根系生长，解决烂根问题。针对近几年小麦主产区域全蚀病突发问题，“全蚀净”配合“荧保素（荧光假单胞菌）”拌种预防全蚀病在河南已经取得了不错的效果。