(1)根据防治对象合理选择农药品种使用农药是药用植物病虫害防治的重要手段。农药种类较多，应根据病虫害种类选择合适农药，杀虫剂如敌百虫，一般对咀嚼式口器害虫如菜青虫有效，而对蚜虫、介壳虫等刺吸式口器害虫几乎无效。杀菌剂也要选择合适的品种，如种子消毒处理一般选用广谱性杀菌剂，而防治叶部的真菌性病害可选用多茵灵、甲基托布津等农药，防治霜霉病则应选择瑞毒霉等对藻类菌敏感的农药。在中药材病虫害防治中，提倡使用生物农药，如Bt、农抗120、灭幼脲、烟碱等。
(2)农药的交替使用与合理混用农药的使用原则是不要长期使用同一种农药防治同一种病虫害，而应交替使用作用机制不同但防治对象相似的农药。同时需要对不同的农药进行混用，可以达到兼治多种病虫害，避免害虫产生抗药性，以延长新农药的使用寿命。混用时要注意农药间不能产生拮抗或降解作用，不使用增毒显著的混用配方。混合配药时，应先将两种农药按配方的用药量或浓度各自称量后，分别加少量水稀释，再相互混合后搅拌均匀，加水至规定浓度。混配的农药应现配现用，不能久置。
(3)选择合适时期使用农药合适的时间施用农药是有效控制病虫发生、保护有益生物、避免农药残留的重要途径，要注意做好田间观察记录，以掌握病虫动态。确定防治适期的依据主要有：掌握害虫盛发期和在对杀伤害虫最有利的虫龄阶段进行防治；病虫易侵染、为害的生育期；非天敌敏感期；安全间隔，即在收获前一定间隔时间内禁止用药，这一点要特别注意。
(4)农药使用过程中安全注意事项配药时须戴胶皮手套，用量要严格按规定剂量称量，严禁用手拌药；药剂拌种时要用工具，随用随拌，手撒或点播药种时要戴防护手套，剩余毒种应及时销毁；配药、拌种地点应远离水源和居住地；使用手动喷雾器时要隔行喷，桶中药液不能装的过满，大风及高温时不喷药；喷药后及时清洗喷雾器及盛过农药的包装物。