棉籽从轧出到播种约须经过5～6个月的时间。在此期间，如果温湿度控制不适当，就会引起棉胚内部游离脂肪酸增多，呼吸旺盛，微生物大量繁殖，以致发热霉变，丧失生活力。因此棉花种子的贮藏非常关键。
　　一、棉花种子贮藏前的准备工作
　　1．棉花种子的准备。①棉籽入库前，要进行一次检验，要选择饱满成熟的霜前棉花种子。饱满成熟的棉花种子种皮结构致密而坚硬，外有蜡质可防御外界温、湿度的影响，种皮内含有约7.6%的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用，耐藏性好。未成熟的棉花种子不耐贮藏。②剔除破损粒、霉烂粒，病虫粒，做好防虫灭虫工作。③严格控制棉花种子安全入库标准：水分不超过11%～12%，净度不低于99.5%，发芽率在90%以上。这三项指标中有一项达不到即为不合格棉花种子，不能入库贮藏。
　　2．仓库的准备。①仓库的全面检查，隔热和密封效果是否完好，监控仓库温、湿度的仪表是否能正常工作等。②清仓和消毒：将仓内不同品种的棉花种子、杂质、垃圾等全部清除，还要清理仓具、输送管道以及铲除仓外的杂草等；并进行空仓消毒，可用敌百虫或敌敌畏等处理。
　　二、合理堆放棉籽可采用包装和散装。散装虽对仓壁压力很小，但也不宜堆得过高。一般只可装满仓库容量的一半左右，最多不能超过70％，以便通风换气。堆装时必须压紧，可采用边装边踏的方法把棉籽压实，以免潮气进入堆内使短绒吸湿回潮。棉籽入库最好在冬季低温阶段冷籽入库，可延长低温时间。但是当堆内温度较高时，则应倒仓或通风散热。
　　三、严格控制水分和温度棉籽水分在12％以下，可以较长时间保管，贮藏方式可以用露天围囤散装堆藏；冬季气温过低，须在外围加一层保护套，以防四周及表面棉籽受冻。水分在12％～13％以上的棉籽要注意经常测温，以防发热变质。如水分超过13％以上，则必须重行晾晒，使水分降低后，才能入库。棉籽要降低水分，不宜采用人工加温机械烘干法，以免引起棉纤维燃烧。
　　四、贮藏期管理
　　1．温度检查：入冬以后，水分在11%以下，每隔5～10天检查1次，12%以下则应每天检查。温度检查应在仓内的不同方位、不同层次各置温度计一支，定时定点进行观测。
　　2．适时通风：通风必须根据仓库内外的温度和相对湿度而定。当外界温、湿度均低于仓内时，是通风的最佳时机，此时通风既可降温又可排湿；当仓外温度与仓内温度相同，而仓外湿度低于仓内或仓内外湿度基本相同，或仓外温度低于仓内时，也可以通风，前者以散湿为主，后者以降温为主
　　3．质量检测：贮藏期间要定期检查棉花种子质量，以便及时了解棉花种子的贮藏情况，检测通常包括棉花种子发芽率试验，水分测定、游离脂肪酸测定、健子率测定，如发现问题应及时解决，如加强通风、晾晒、倒仓等。
　　4．杀虫：棉籽入库前如果发现有虫，可在轧花后进行高温曝晒，或将60℃左右的热空气通过种子5分钟，再装袋闷2小时，可将棉红铃虫杀死。也可在仓内沿壁四周堆高线以下设置凹槽，在槽内投放杀虫药剂，当越冬幼虫爬入槽内时便可将其杀死。
　　5．防火.棉籽有短绒，本身含油量又高，干燥的棉籽遇到火种容易引起燃烧，而且在开始燃烧时往往不易察觉，被发觉时已酿成火灾。在管理上要特别注意防火工作。严禁火种接近棉籽仓库，仓库周围不能堆放易燃物品。工作人员不能在库内吸烟。在库内甚至不能发生铁器碰撞现象，以免产生火花引起火灾，离开时要及时关闭电源。
　　五、脱绒棉籽的保管脱绒棉籽是指经过脱绒机械或硫酸处理过的种子。这些棉籽因经过处理，其外壳虽然未破碎，但种皮一般都受到机械磨损或腐蚀，透水性增加，比较容易受外界温、湿度的影响，不耐贮藏。在贮藏过程中容易引起发热现象。所以，对脱绒棉籽应多检查，在堆法上应采用包装通风垛或围囤低堆等形式。