根据马铃薯贮藏期间生理反应和气候环境变化，种薯入窖后应分为三个阶段进行管理。

　　1、贮藏初期：从入窖到11月底，入窖初期种薯正处在后熟期，呼吸旺盛，释放二氧化碳、水分和热量较多，窖温较高。此期应为降温、散热、通风、换气为主，窖口和通气孔要经常打开。随着外界温度的下降，通气孔和窖口白天打开或小开，同时要注意观察窖内温度变化，必要时采取相应措施，使其尽快进入休眠状态。

　　2、贮藏中期：从12月份到翌年2月末，正是北方的严冬季节，外界温度很低，此时薯块完全进入休眠状态，呼吸微弱，散热量极小，这一阶段要注意防寒保温，要经常检查窖温，密封窖口和通气孔，严防受冻。窖温应控制在1—2C为宜，湿度在80%—90%，以延迟休眠期短的种薯发芽。

　　3、贮藏末期：3—4月份，此时外界温度逐步升高，块茎已打破休眠期，即将萌动。这一阶段管理重点是保持窖内低温，不要随便打开窖门，若窖温过高，可在夜间打开窖口和通气口通风降温，一定要把窖温保持在4C以下，以免窖温升高，过早发芽，同时，及早安排生产，落实好种薯繁殖基地，尽早出窖，以防因种薯发芽而降低种性，出窖时，要严格区分级别和品种，保证运输中不混杂、不损伤、不受冻，确保高级种薯的优良种性。