为了预防疾病、减少处于苗种期的水产动物的危害，对水产动物的育苗场所和苗进行适时的消毒是很有必要的。
　　一是用稳定性二氧化氯对虾育苗场所及其繁殖用具的消毒根据不同的对象采用不同的消毒方法。
　　对于亲虾的暂养池干池消毒时，可以将稳定性二氧化氯用清水稀释成万分之一浓度水溶液后，全池均匀泼洒。带水消毒时，可以将稳定性二氧化氯用少量(每100克药物用30公斤清水)清水稀释后，全池均匀泼洒，使水体中的药物浓度达到每升3毫克浓度。
　　对于繁殖用具，可以采用浸泡消毒法进行。首先将稳定性二氧化氯用清水稀释成十万分之一浓度水溶液后，将网具、捞子等繁殖用具放在稳定性二氧化氯水溶液中浸泡5小时~6小时以上。
　　对于亲虾的消毒，可以将稳定性二氧化氯用少量清水稀释后，全池均匀泼洒，使水体中的药物浓度达到每升0.3毫克即可，或者采用稳定性二氧化氯水溶液浸泡法，即在适当大小的容器中，盛装定量的清水，将稳定性二氧化氯稀释在其中，使药物在水体中的浓度达到每升50毫克，直接将亲虾放在其中浸泡5分钟～10分钟。
　　二是根据虾苗种的规格可以用不同的浓度的稳定性二氧化氯水溶液消毒。
　　浸泡虾苗时，将定量的稳定性二氧化氯稀释在清水中，制成药物浓度为每升0.5毫克水溶液后，将虾苗放在其中浸泡5分钟～10分钟。
　　浸泡幼虾种时，将定量的稳定性二氧化氯稀释在清水中，制成药物浓度为每升2毫克的溶液后，将幼虾种放在其中浸泡15分钟～20分钟。
　　在饲养虾苗种的池中定期泼洒稳定性二氧化氯水溶液，使饲养池水体中的药物浓度达到每升0.2毫克~0.3毫克，每隔4天~5天泼洒1次。