辣椒品种中常规品种仍有较大的种植面积。其中一些地方良种（如河西牛角椒）和近年推广的常规优良品种受到农民欢迎。对于这些常规良种，农民常采用自行留种的方法。辣椒是常异花授粉作物，异交率达10%左右，部分农户留种的方法不当，导致了种株串粉异交，引起种性严重退化。因此，对于种植辣椒的专业户来说，辣椒留种时，要注意采取提纯的复壮方法。
    选择优良单株。在种植优良品种的丘块，于辣椒植株第一层结果后，选择具有本品种典型性状、生长发育壮实的优良单株作为留种株，并加强肥水管理，确保较好的生长发育条件，使品种能充分表现其优良性状。鉴于常光顾辣椒花朵的昆虫如密蜂、有翅蚜、蓟马、粉虱等易引起异花授粉，为防混杂，要采取强制白花授粉的方法。即将中选植株上的花朵用小纸袋套住；也可将中选植株用纱布袋套住。待隔离后所结的果实红熟后再根据植株的抗病性、果实性状及丰产性状进行一次选择淘汰，再分株采收留种和编号。
    选优淘汰。在下一个生长季节，将每个种株采收的种子种成株行圃，并设置良好的隔离条件。从中选择符合本品种主要特征特性，并且抗病、丰产，适应性强、株行内和株行间性状基本一致的优良株行乙种椒充分红熟后，各株行分别留种和编号。再到下一个栽培季节，各行的种子分别种植，建立株系圃，并设置500米以上的品种隔离条件。再经鉴定比较，将选中的优良株系混合采收留种，用作良种繁育中的原种。
    种子繁殖。即繁殖大田生产所用种子。繁殖田要求肥力水平中等以上、排灌条件良好、有良好的隔离条件。距离隔离要求在300～500米以上。繁殖田田间管理与商品辣椒大致相同，但各项管理措施要及时，并且要进行植株调整、疏花疏果、保证籽粒饱满；加强肥水管理和病虫防治；定期检查，及时去除杂株和劣株，采收留种果时再进行一次选择。红熟的种果采摘后可置于通风处后熟7～10天。用小刀将果实纵剖、展开，将胎座一起取出，再刮下种子，避免将果肉、碎片及纤细胎座混人种子内。处理辣椒味很重的果实时，需要戴上口罩和乳胶手套，或仅套住拇指和食拇。剖取的种子应及时摊开晾晒，注意勿在高温处曝晒。