一、酸性化肥不可与碱性肥料混用。碳铵、硫铵、硝酸铵、磷铵不能与草木灰、石灰、窑灰钾肥等碱性肥料混施，会发生中和反应，造成氮素损失，降低肥效。
　　二、含氯的化肥不宜使用在盐碱地和忌氯作物上。忌氯作物有烟草、甜菜、薯类、茶树、桃树、葡萄、柑桔、甘蔗、西瓜等。
　　三、氮素化肥不宜浅施或浇水前施用。氮素化肥施入土壤后一般要转化为铵态氮，容易随水流失或受光热作用而挥发，失去肥效。
　　四、碳铵和尿素不能混用。尿素中的酰胺态氮不能被作物吸收，只有在土壤中腺酶的作用下，转化为铵态氮后才能被作物利用；碳铁施入土壤后，造成土壤溶液短期内呈酸性反应，会加速尿素中氮的挥发损失，故不能混合施用。碳铵也不可与菌肥混用，因为前者会散发一定浓度的氨气，对后者的活性菌有毒害作用，会使菌肥失去肥效。
　　五、氮肥不宜多施于豆科作物上。豆科作物根部都有固氮根瘤菌，过多施用氮素肥料，不仅会造成浪费，还会使作物贪青晚熟，影响产量。
　　六、磷肥不宜分散使用。磷肥中的磷元素容易被土壤吸收固定，失去肥效，应先将磷肥与积肥混合堆沤一段时间，再沟施或穴施于作物根系附近。
　　七、含磷量较高的肥料不宜多用于蔬菜。蔬菜对磷元素的需要量相对较小。
　　八、钾肥不宜在作物生长后期使用。待有缺钾症状时，作物生长已近后期，这时再追肥已起不到多大作用，因此钾肥应提前至作物苗期追施，或作基肥使用。
　　九、稀土肥料不宜直接施于土壤中。稀土肥料用量较小，正确的使用方法是将稀土肥料拌种或用于叶面喷施。
　　十、不宜不分作物品种和生育期滥施肥料。不同作物、不同生育期的作物对肥料的品种和数量有不同的需求，不分作物及时期施肥只会适得其反。
　　十一、硫酸铵忌长期施用。硫酸铵为生理酸性肥料，长期在同一土壤施用，会增加其酸性，破坏团粒结构；在碱性土壤中，硫酸铵的铵离子被吸收，而酸根离子残留在土壤中与钙发生反应，使土壤板结变硬。
　　十二、未腐熟的农家肥和饼肥不宜直接使用。未腐熟的农家肥和饼肥中含有多种虫卵、病菌，还会产生大量二氧化碳气和热量，直接使用会污染土壤，加快土壤水分蒸发、烧坏作物根系，影响种子发芽。正确的使用方法是，先将农家肥和饼肥充分堆沤腐熟，经高温消毒或药剂处理后再使用。