施用前的处理：为了有效地杀灭粪尿肥中的寄生虫卵和传染性病菌，必须在施用前进行无害化处理。通常可采用高温堆肥法和粪池密闭法。也可采用毒物处理法，即利用对寄生虫及病菌有毒的物质处理粪尿肥，如每100千克粪肥中加福尔马林200毫升，封存1天或加50%敌百虫片2克封存2天，也可加尿素1千克封存3 天。有条件的地方可将积肥与沼气发酵相结合，最好施用经过转化后的有机肥、沼渣。沼液肥效高，能取得较好的生态效益和社会效益。

采用沟、穴施肥法：根据药用植物大小、土壤湿润状况，施用腐熟的粪尿肥时需要兑水稀释，开沟或挖穴浇施，覆盖泥土，防止肥不流失，提高粪尿肥的利用率。在药材幼苗期追施粪尿肥，浓度要稀，用量要少，避免烧坏幼苗。此外，人尿中含有较高的食盐，对忌氯药用植物，如姜科的黄姜、沙姜、砂仁等不宜施用，以免影响产品质量。

忌用污水稀释肥：一些药农认为污水有肥效，喜欢用污水兑粪尿肥浇灌药材，这样会造成药材的严重污染。因为污水中含有大量病菌、虫卵、毒物和重金属离子，容易诱发病虫害，造成土壤污染，甚至影响后季作物。因此，不论是工业污水还是生活污水，凡未经无害化处理，都不能用作药材地灌溉及肥料兑施用水。