种子含水量决定贮藏方法，因此根据种子安全含水量的高低，把种子的贮藏分为干藏和湿藏法两类。
一、干藏法
将充分干燥的种子，置于干燥的环境中贮藏称为干藏。这种方法要求有一定的低温和适当干燥的条件。适用于安全含水量比较低的种子，如大部分针叶树种和杨、柳、榆、桑、桦、刺槐、白蜡、紫穗槐、皂荚、桃、李、杏等树种的种子。
干藏又分为普通干藏法和密封干藏法两种。
1、普通干藏法。把经过充分干燥的种子，装入麻袋、箩筐、箱、桶、缸、罐等容器中，置于低温、干燥、通风的库内贮藏的方法，可藏于仓库、普通房间、地窖或专门的种子库房内。适用于大多数针、阔叶树种的种子短期贮藏，如秋采、冬贮、春播。
2、密封干藏法。将充分干燥到安全含水量的纯净种子，装入已消过毒的容器内贮藏的方法。主要适用于需要长期贮藏的和用普通干藏法容易失去生活力的种子，如杨、柳、桉、落叶松等。这种方法使种子与外界空气隔离，因而种子能够经常保持干燥状态，呼吸作用很微弱，贮藏效果良好。
贮藏时，将种子放入玻璃或铅桶、铁罐、聚乙烯容器中，装置九成满，为防止种子吸湿，容器中可放入木炭、氯化钙、变色硅胶等吸湿剂，然后加盖，用石蜡、火漆粘土等密封，附以标签，置于种子库内。放置吸湿剂的数量，因树种和吸湿剂的种类而异。
长期贮藏大量种子时，为了做到安全贮藏，应建造专门的种子库，控制温度在-5—5ºC，相对湿度在40—60%，贮藏种子效果较好。
二、湿藏法
将种子置于湿润、低温、通气的条件下贮藏为湿藏。此法适用于安全含水量高的种子，如栎类、核桃、银杏、紫杉、檫树、樟树、油桐、油茶、油棕等树种的种子及杨、柳的插穗等。一般情况下，湿藏还可以逐渐解除种子的休眠，为发芽创造条件。所以对一些深休眠的种子，如红松、桧柏、椴树、山里红、槭树等也多采用湿藏法。
湿藏期间，要求环境条件：经常保持湿润，以防种子失水干燥；适度低温，以0—5℃为宜，一般不能高于7℃，以防霉菌活化，抑制种子发芽；通气良好，使种子周围二氧化碳及时排除，满足新鲜氧气供给。
湿藏方法很多，主要有露天埋藏法和室内堆藏法。
1、露天埋藏法（也称坑藏）：
（1）贮藏地的选择。选择地势较高、排水良好、背风和管理方便的地方。
（2）贮藏坑的规格。坑宽1.0—1.5米，长以种子多少而定，坑深应根据与当地气温和地下水位高度而定，原则上为地下水位以上、土壤冻结层以下，一般1米左右。
（3）排水、通气设施。在坑底铺一层10—15厘米厚的木板、湿砖、卵石或粗沙，再铺一层湿润细沙，以便排水，在坑中央每隔1米距离插1束秸秆或带孔的竹筒，木筒之类，使其高出坑面30厘米左右，以便通气。
（4）种、沙混合放置。将种子与湿沙按1∶3的容积比混合或种沙分层堆放在坑内，一起堆至坑沿20—40厘米为止，上面覆一层湿沙。沙子的湿度控制在饱和含水量的60%左右。即手握成团不滴出水、松手触之能散开。
（5）坑上覆土厚度。应根据气候条件而定。随着气候的变冷逐渐加厚土层，目的在于调节温度、湿度，最后使盖土堆成屋脊形。
（6）修排水沟。为防止坑内积水，应在坑的周围挖好排水沟。
（7）检查。一般半个月至一个月检查一次，发现问题后要及时处理。
2、室内堆藏法：选择空气流通、阳光直射不到的房间、地窖、菜棚等室内，先在地面上洒一些水，铺一层10厘米左右厚的湿沙，然后将种子和湿沙按1∶3之容积比混合或分层放置，堆成高50—80厘米、宽1米，长视厅内大小而定的堆。堆的中间每隔1米插一束秸秆或竹筒，堆间留出通道，以便于工作通风和检查。本法适用于气温较高、降水量较大、露天埋藏容易霉烂的地区。
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