檀香在气温变化、环境不宜和管理不善时，均会引起病虫害的发生，常见的病虫害有：危害根部的苗立枯病、根腐病和金龟子幼虫；危害叶片的叶灰斑病、白粉病、桑寄生粉蝶、金龟子；危害茎干的糠片盾蚧等。这些病虫害在当地的其他植物也存在。
　　虫害的防护方法有：光谱杀虫灯；放养寄生蜂等天敌；春夏多虫季节加强使用农药。 檀香主要的虫害：
　　1、桑寄生粉蝶：用40%马拉硫磷2000倍液或者90%敌百虫晶体800～1000倍液喷雾枝叶杀灭；
　　2、金龟子：用90%敌百虫晶体、40%氧化乐果800～1000倍液，或50%马拉硫磷乳油1500倍液喷雾。杀灭幼虫需用90%敌百虫晶体、50%辛硫磷各800倍液灌浇根部；
　　3、糠片盾蚧：寄主枝条过于密集，造成环境潮湿，植株生势较差时发生。适当修剪寄主植物，以利通风透光，使檀香生长健壮；经常检查，抹杀幼蚧，可减轻危害。将修剪下来的虫枝集中堆放一周后再行烧毁，以便保护天敌。在卵盛孵期进行药剂防治。可用40%氧化乐果1500～2000倍液、25％的扑虱灵可湿性粉剂2 000倍液或5%亚胺硫磷1000倍液喷雾，每隔10～15天1次，连续2～3次。
　　4 象鼻虫：成虫咬食檀香叶片嫩枝，造成枝条干枯死亡。可人工捕杀或用50%甲胺磷800倍液喷雾。
　　此外，还有红蜘蛛、尺蠖、双线盗毒蛾、卷叶蛾、白襄蓑蛾、蝗虫、东风螺、蝼蛄、金龟子、小地老虎等害虫为害。
　　檀香主要的病害：
　　1、根腐病：由地势低湿，土壤黏重，排水不良，植株生长受阻而引起。发病初期枝梢下方的叶片呈轻微的失绿状，以后逐渐向上扩展，枯焦，脱落。细根腐朽脱落，仅剩主根呈黑色绿色环腐症状。可用50%多菌灵800倍液，或50%代森铵800倍液淋灌病株土壤。 控制土壤水分，防止积水，适当施肥，增强抗病能力。 2、苗立枯病：一般在低温阴雨、湿度大、土壤黏重、排水不良的情况下发病。主要发生在檀香幼苗，在受害幼茎基部出现褐色病斑并逐渐扩大、凹陷、腐烂，导致幼苗枯萎死亡。 发病初期，可用用立枯净500倍液，或用50%托布津可湿性粉剂800～1000倍液，或25%多菌灵可湿性粉剂250倍液喷雾防治。对发病区的土壤进行消毒。 3、叶灰斑病：在土壤瘠薄，排水不良，湿度过大或严重干旱，植株长衰弱的地块发病。病斑多半从叶片尖端和边缘开始，逐渐扩大，呈圆形、半圆形或呈不规则状。开始病斑呈褐色，后期病斑中央变灰白色，上有黑色小点。一年中以6～9月，高温、高湿季节发病率较高。 加强栽培管理，使檀香提高抗病能力。及时清除病叶，集中烧毁，减少侵染来源。用50%托布津可湿性粉剂800～1000倍液，或25%多菌灵可湿性粉剂300倍液喷雾。