放养后捕回率较低
　　由于放养后各口鱼塘的地理环境不一，有些塘底不平整，捕回率较低，仅在40%～60%，过低的捕回率严重影响注射率的普及性。假如放养鲩鱼10000尾能捕回9000尾，注射率达90%;若只捕回5000尾，注射率仅为50%，没有注射疫苗的5000尾时刻都受病害侵袭，是造成注射鲩鱼疫苗效果差的原因。有条件的鱼塘最好是注射疫苗后才放养，或过塘逐条注射放养。
　　疫苗稀释后存放时间过长
　　疫苗在稀释的过程中，不可避免地受各种不良环境因素的侵袭与混杂，存放时间过长，菌苗则会变异、死亡，这样就失去其应有的作用。所以，一定要及时使用才能保证质量。
　　鱼体带病注射
　　鱼塘出现鱼患病死亡后才急于注射疫苗，在注射疫苗后鱼类持续出现较大规模的死亡，是应激反应。具体表现为注射疫苗后鱼死亡特别多，或长时间持续死亡。由于部份养殖户缺少无病先防的意识，鱼发病后才急于拉网注射疫苗，这时鱼体已严重感染病菌，此时进行疫苗注射，不会使鱼体产生抗体，只会加速鱼的死亡。针对已发病的池塘，建议用二氧化氯对池水进行消毒两次，以缓和或减少发病再进行拉网注射疫苗。注射疫苗后对池塘再进行一次杀菌消毒，这样会减少应激死亡数量。
　　疫苗保管不善
　　由于环境的差异，在没有冰箱的情况下，购回的疫苗通常用水浸着，若瓶盖损坏，易渗入水份感染疫苗，造成变质，更有甚者，随意放在阳光下暴晒或放在炉灶边烘烤。所以疫苗必须即购即用，有冰箱的养殖户可提前1天～2天购回备用。
　　注射方法不正确
　　给鱼体注射疫苗时，针头、针管不严格消毒，甚至打空针、打漏针，疫苗剂量忽多忽少，更有甚者在疫苗中乱加激素药物等，都是导致注射失败的原因。要打有准备之仗，注射疫苗前认真检查器械能否继续使用，零部件有无损坏，避免打空针（没有针水注射）或打漏针（导管皮栓及接口处漏疫苗），造成注入的疫苗量微乎其微，甚至无疫苗到鱼的体内，导致达不到防治的效果。在注射疫苗前，注射器要进行严格的清洗或消毒，没有排清导管里残存上次的疫苗就随意注入，会导致病毒注入而引发注射后持续出现病鱼死亡。在注射疫苗前必须严肃认真地做好各方面准备工作，清洗修理好网具器械，杜绝上述各种因素的发生。
　　选择气温低时注射疫苗
　　温度高容易损伤鱼体，也容易造成死亡，最好选择阴凉天气进行。鱼的密度大，容易造成缺氧，所以在注射疫苗时必须开足增氧机增氧，提高成活率，减少死亡。