一、菌丝徒长。在平菇生产中，常因菌丝徒长而造成菌丝密集成团，形成老菌皮不出菇的现象。其原因主要是菌种老化或在一级菌种转管时用气生菌丝进行转接造成的。生产中如果菇房通气不良，温度过高，薄膜覆盖时间过长也会造成菌丝徒长而不出菇。防治方法：加强制种管理，在子实体分化期，增加菇房通气量，降低菇房温度。栽培中出现老菌皮时，及时除去老菌皮，划破菌块、菌膜催菇。
    二、菌丝退化、萎缩。在发菌或出菇阶段菌丝变黄、变褐、萎缩死亡。这是因培养料碳氮比不适，或含水量过高，通气不良，菇房闷热等造成的。防治方法：调好培养料碳氮比，降低培养料含水量，适时播种，避免高温危害。
    三、子实体萎缩、死亡。这主要是在出菇期因环境条件不适造成的。如低温型品种温度超过23℃、中温型品种超过28℃、空气湿度低于80％，子实体因水分大量急剧蒸发而萎缩死亡；喷水过多，造成小菇水肿，出菇很密时，营养不足，小菇因饥饿而死亡等。防治方法：根据栽培季节，选择适宜品种，避开高温季节出菇；出现菇蕾后，将菇棚湿度提高到90％，随着子实体长大加强通风。尽量避免直接往菇体上喷水。
    四、畸形菇。（1）皱缩菇：菌盖小，皱缩，菌柄长，质硬。是因温度偏高和湿度过低引起。（2）大脚菇：只长菌柄，不长菌盖。是因通风不良，二氧化碳浓度过高引起。（3）长柄菇。菌柄细长，菌盖很小。原因是揭膜过晚，光照不足所致。（4）菌盖上长疙瘩：这种现象一般发生在冬季，因栽培室内生火增温、二氧化碳积聚浓度过高，栽培袋靠近风口，冷风刺激引起菌盖生长失控而起疙瘩。防治方法：控制好菇房温度，出菇期最好控制在15～28℃，遇到高温时，要通过洒水和通风降温，出菇阶段，给予200勒克斯左右的散射光照，保持空气湿度在90％左右，适量通风，控制二氧化碳浓度在0.1％以下。