当前菠菜种子生产中存在的主要问题有二：一是品种混杂。二是种子发芽率低。要提高菠菜种子的产量和质量，必须了解菠菜的采种方式和种子生产的技术要求。
（一）采种方式
1、秋播老根采根秋季播种，以幼苗状态在露地越冬，翌春抽薹，开花，结籽。
2、近冬播寄籽采种（埋头采种）种株的栽培方法同埋头菠菜。以萌动的种子状态在土壤中越冬，翌春出苗，油薹，开花，结籽。
3、播当年采种种株的栽培方法同春菠菜。早春播种后，由于温度逐渐升高。日照时间逐渐加长，出苗后20多天就开始抽薹，此时的总叶片数仅8片左右，所以种株的营养体很小，花薹细弱，分枝很少，甚至没有分枝，开花结籽少，种子不饱满，发芽率低。
采种田的技术要点如下：
第一，采种田占地时间较长，土壤养分的消耗较大，而且植株必须具备良好的营养生长基础，才能为种子发育提供充足的营养，而种子的发育又会因消耗大量营养而促使植株早衰，因此施用充足的优质基肥尤为重要。
第二，采种田应采取开沟条播。秋播老根采种，行距为26厘米左右；近冬播帘籽跟种，行距为20厘米左右；春播当年采种，行距为15厘左右。撒种量较生产鲜菠菜适当减少，并要及时间苗，株距保持10厘米友右，以防种株过密，生长细弱，容易倒伏。
第三，种株抽薹以前适当按制浇水，以免茎、叶生长过旺而廷迟抽薹，或使花薹细弱而倒伏，降低种子产量和质量。当部分植株开始抽薹时，结合灌水每亩施用尿素 10千克左右，使种株多发生侧枝，多开花结籽。即将进入盛花期前，每亩施用氮磷钾复合肥15～20千克，并增加灌水，促进籽粒饱满。种子成熟期减少灌水。
第四，采种田中的种株进入抽薹期后，在开花以前将种子田周围2000米范围内的其它品种的菠菜全部收割，以免发生天然杂交。
第五，为了保持和不断提高优良菠菜品种的种性，必须注意种株的选优、去劣、去杂工作。绝对雄株抽薹开花最早，对比它晚开花的雌株的授粉作用不大，而且授粉后会引起种性退化、所以要及早拔除，营养雄株的花期与雌株相近，应当保留，但是为了使雌株得到充足的营养面积，还可以将花期比雌株早的营养雄株拔掉，仅保留一部分与雌株同时开花的营养雄株供授粉用。等雌株上的花全部结成果实后，再将营养雄株全部拔除，以改善田间通风透光条件，促使果实充分发育和成熟。
菠菜虽然是雌雄异株植物，但也有一些雌雄同株的植株。雌雄同植株上采得的种子，雄株较少，雌株和雌雄同株的植株较多，因而抽薹也比较晚，适合菠菜栽培的目的。应予以保留。
另外，还应拔除抽薹早的雌株、病株、弱株及不符合本品种特征特性的杂种植株。
第六、掌握种株的适宜收割时期和采收种子的方法，对提高菠菜种子质量和产量也很重要。菠菜果实外面的果皮，随成熟度的增加而变厚变硬。过度老熟的种子。发芽率降低，而且容易脱落和遭受麻雀为害，应在种株茎1/3～1/2变黄，果皮呈黄绿色时，齐地面割下。
采收菠菜种子的方法有晒打和捂打2种方法。晒打是将割下的种株摊在晒场上晒3～4天，充分干燥后打场脱粒。用这种方法采收的果实果皮为淡绿色，有新鲜感，但不易脱粒干净。捂打是将刻下的种株堆放在一起，过3～4天后再脱粒。用这种方法，果实容易脱落，脱粒比较干净，但果皮颜色发黄，有陈旧感，而且发芽率稍低。还是采用晒打方法较好。