越夏菜畸形果产生的原因主要有四类，分别是花芽分化不良引起的畸形果、营养供应不良引起的畸形果、病毒病畸形果及激素中毒引起的畸形果。
　　花芽分化不良引起的畸形果：一般蔬菜在苗期就进行花芽分化，像番茄长到2叶1心时，内部花芽分化就已经开始，到定植也就是7-9片真叶展开时，一生的花芽分化都已经结束。此段时间内若出现异常的环境变化，极易出现畸形果。对此，要解决花芽分化导致的畸形果，首先要培育壮苗，苗期要防止长时间出现高温、干旱等条件，以免影响花芽分化，导致畸形。
　　营养供应异常导致的畸形果。空洞果、小型果、僵果等畸形果，多是由营养生长与生殖生长不协调引起的，也可能是坐果太多使叶片合成的养分不能满足果实生长的需要造成的。氮肥施用过多，地上部分营养生长过旺，根冠比例失调，是引起空洞果的主要原因之一；土壤干旱、磷肥施用过多等很容易引起植株缺钙，易引起西红柿的脐腐果。对此，要采取综合的肥水供应和植株调控措施。
　　病毒病引起的畸形果是危害性最大的一种，病毒分为花叶病毒、条斑病毒等几种，这几种病毒迫使已长大的果实变成花脸果、青皮果及生瘤，果面凹凸，丧失商品价值。对此，要提前预防病毒病，具体措施本文中已提及。
　　激素中毒也是引起西红柿畸形果的重要原因，目前应用的激素包括24-D、防落素、赤霉素等，使用不当会引起空洞果等。使用激素时，要根据环境的变化不断调整浓度。点花激素浓度主要视温度变化而变化，温度高激素使用浓度低，温度低使用浓度高。