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菌种退化会导致菌丝体生长缓慢，对环境、杂菌等的抵抗力变弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。引起菌种退化的原因很多，其中菌种不纯和基因突变是主要原因，另外温度过高、不同菌株的混合栽培等都会引起菌种退化。
防止菌种退化的措施有：保证菌种的纯培养，注意不要用被杂菌污染的菌种，不要近距离相连接培养；严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力；适当低温保存菌种，低温型菌种如蘑菇、香菇等，在4℃有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种如草菇在16℃有利于保存菌丝体的活力；避免在单一培养基中多次传代；菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化；菌种要定期进行复壮，在适温、合适酸碱度、充足氧量、无杂菌培养等条件下进行；每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。

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