过磷酸钙和钙镁磷肥虽然都属化学磷肥，但其化学成份与物理性质却截然不同，前者为白色或灰白色粉末，有吸湿性和腐蚀性，含磷量约16%-18%，属酸性化学磷肥；而后者为灰色或暗绿色，不吸湿不结块，可以经久存放，含磷量约14%-18%，属碱性化学肥料，因此在使用上有很大的不同。
　　一、适施的土壤不同。过磷酸钙呈酸性反应，施在石灰性和中性土壤中，大都能生成被作物吸收的盐类，而施入酸性土壤中，其主要成份磷酸一钙，则与土壤中的游离铁、铝离子发生交换反应，形成不溶性磷酸盐类、因此它特别要求与有机肥混合施用和集中施于根系密集区，以减少同土壤的接触。而钙镁磷肥宜施入微酸性或酸性土壤中，效果最好，作基肥全层深施，加速有效磷的释放，利于作物吸收利用。
　　二、肥效有快慢。过磷酸钙为水溶性磷肥，肥效来得快，既可作基肥，又可作早期追肥或根外追肥。而钙镁磷肥为枸溶性磷肥，肥效来得慢，在一般情况下，它的施用时间最好比过磷酸钙提前1-2个月，宜作基肥一次性施下，作根外追肥，作物叶面不易吸收，因而效果差。两种磷肥所含的有效磷相差不多，但由于钙镁磷肥肥效慢、肥效长，因此一次性施用量要比过磷酸钙增加50%。可采用隔年施的办法，以提高利用率。
　　三、这两种磷肥因酸碱度不同，因而不能混合施用。过磷酸钙不宜与石灰、草木灰等碱性肥料混合施用，钙镁磷肥不能与硫酸铵、氯化铵等酸性肥料混合使用，以免发生化学反应而降低肥效。过磷酸钙含有大量的硫酸钙，在缺硫的土壤中施用有补充硫营养的作用；而钙镁磷肥则具有供给作物钙、硅等元素的能力，因此在喜钙的豆科作物和需硅的水稻、小麦上施用，效果会更好。
　　四、耐贮性不同。过磷酸钙易吸湿回潮结块、有腐蚀性，如贮藏时间长，一部分水溶性磷便会转变为难溶性磷，且湿度、温度越高，这种转变速度越快。而钙镁磷肥不吸湿结块，无腐蚀性、耐贮藏。因此，提倡过磷酸钙现购现用，在需要贮备磷肥时，宜选购钙镁磷肥。