山女鳟的病害主要是细菌性疖疮病、鳃病和寄生性三代虫病、水霉病。该鱼引进我国后在周年水温0.5℃-17℃的黑龙江省和周年水温9℃-16℃的北京地区3年多的试验养殖中只发现疖疮病、细菌性鳃病和三代虫病。
1.疖疮病

病原是嗜鱼气单胞菌。感染初期的病鱼与健康鱼不易区别。随着病情的发展，病鱼常在静止水中慢游或在排水口处徘徊，体色发黑，眼球突出，体侧出现半圆形突起，大的突起可达30毫米。手触突起部有柔软感，和力压迫可使皮肤破裂，流出血和脓状物。有些病鱼的鳍基部有出血症。鳃呈桃色贫血状，肠管呈红色炎症，肠内有粘液状粪便，肝、肾脏出血。典型症状是肾脏后方离开体壁呈肿胀状。

此病感染途径是饵料中的病原菌经口感染或水中的病原菌通过伤口侵入体内，并随血液遍布全身引发此病，也称败血症。急性疖疮病，没有明显症状，死亡率高。亚急性疖疮病，各器官出现红斑，而成为出血性败血症。慢性疖疮病在体表面出现上述隆起。隐显性疖疮病，没有明显症状，但当捕捞搬运时易引起暴发性发病。

该病多在春、秋两季流行，水温9℃-13℃时易引发批量死亡。水温15℃以上时不易引起死亡。病原菌是革兰氏阴性菌，治疗方法主要是抗生素和磺胺类药物做成药饵投喂。抗生素类药物如四环素、氯霉素等，按每千克鱼重每天投药10-50毫克。磺胺药物如磺胺二甲嘧啶、二甲氧苄氨嘧啶预混剂等按每千克鱼重每天投药 100毫克。重症第一天投药量要加倍，之后用常规药量。

疖疮病的预防，主要是降低饲育密度，保持鱼池清洁和水质的清新。
2.细菌性鳃病

病原是一种粘液细菌嗜冷噬胞菌。上浮至3克重的稚鱼易感染此病。病鱼多集中在排水口附近，或沿池壁、水面慢游，无食欲。鳃部分泌粘液多，鳃丝粘连成棒状，典型病症是从上向下观察鱼体，可见鳃盖向外张开，呈镊子状。该病多在早春水温5℃前后流行，放养密度越大越易发病。

发病早期，用稀释2000倍硫酸铜液药浴1-2分钟，连续药浴1-3次，或用1毫克/升呋喃类药液洗浴1小时，2%-3%食盐水浸浴5-10分钟，连续浸浴2-3次，可见到治疗效果。
3.三代虫病

病原是由细鳞鱼三代虫寄生体表引发的疾病。虫体常寄生在尾鳍、臀鳍、背鳍，鳃部和腹部有时也寄生。1-3克的稚鱼易患此病。严重时1克左右的稚鱼体上寄生数十个。发病季节多在春夏季。病鱼表现不安，翻转急游或侧身沿池壁、池底急游，厌食，消瘦，体表粘液分泌多且呈灰白色绒毛状。重症鱼离群独游，聚集于排水口处渐渐死亡。几天内由数十尾增加至数百尾。

治疗方法是全池遍洒福尔马林药液，浓度为稀释2000倍液，药浴10分钟，可彻底杀灭三代虫；稀释4000倍尝试需药浴40分钟。春夏季每10-15天药浴1次，可以预防此病。药浴时间不能过长，防止缺氧。